Частота обнаружения геномов патогенов у детей с острыми респираторными инфекциями

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

В связи с высокой распространенностью острых респираторных инфекций у детей представляло интерес выяснить состав бактериальных и вирусно-бактериальных ассоциаций микроорганизмов, населяющих респираторный тракт. Для идентификации патогенов дыхательных путей, особенно вирусов и некультивируемых бактерий, целесообразно использовать молекулярно-генетические методы исследования, в частности, ПЦР. Цель работы — сравнительный анализ частоты обнаружения геномов патогенов дыхательного тракта у детей с острыми респираторными инфекциями и практически здоровых. Материалы и методы. Обследованы дети (97 человек), из которых 35 человек — с острыми респираторными инфекциями верхних дыхательных путей (назофарингит, фарингит, ларингит) (ОРИ ВДП), 32 человека — с острыми респираторными инфекциями нижних дыхательных путей (острый бронхит, острый обструктивный бронхит) (ОРИ НДП) и 30 человек — практически здоровые на момент обследования. В отделяемом ротоглотки с помощью ПЦР определяли РНК и ДНК вирусных и бактериальных патогенов. Использованы тест-системы производства ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора и АО «Вектор-Бест». Результаты. Анализ частоты выявления ДНК и РНК патогенов бактериальной и вирусной природы показал наличие их широкого спектра (20 различных видов/штаммов из 27 определяемых) в биоматериале из ротоглотки у всех обследованных детей. Наибольшее разнообразие и частота обнаружения геномов патогенов обнаружены у практически здоровых обследованных и детей с ОРИ ВДП (ДНК представителей семейства Herpesviridae, S. pneumoniae, H. influenzae, MSSA, MRCoNS). В составе микрофлоры превалировали ассоциации из 4–6 патогенов, а «ядром» как бактериальных, так и вирусно-бактериальных ассоциаций являлось сочетание S. pneumoniae и H. influenzae (в 93,3% и 60,0% случаев соответственно). В бактериальных ассоциациях у здоровых детей выявляли также стафилококки (MRSA и MRCoNS) и P. аeruginosa, у детей с ОРИ ВДП — MSSA и очень редко — другие виды бактерий. У детей с инфекциями НДП, большинство из которых (75,0±7,7%) относились к категории длительно болеющих и имели осложненное течение заболевания, обнаружено заметное обеднение (уменьшение таксономического разнообразия) назофарингеальной микробиоты. Заключение. Представленные данные свидетельствуют о присутствии в биоматериале обследованных детей молекулярно-генетических маркеров широкого спектра патогенов в виде вирусно-бактериальных и бактериальных ассоциаций, состав которых вариабелен и зависит от клинического статуса пациентов. Обнаружение геномов патогенов является важным для решения вопроса о выборе этиотропной терапии на ранних этапах заболевания, а также назначения пробиотических препаратов, способных восстановить баланс микрофлоры дыхательных путей.

Об авторах

С. Ю. Тюкавкина

ФГБОУ ВО Ростовский государственный медицинский университет Минздрава России

Email: galinagh@bk.ru

к.м.н., доцент кафедры микробиологии вирусологии № 2

Россия, Ростов-на-Дону

Галина Георгиевна Харсеева

ФГБОУ ВО Ростовский государственный медицинский университет Минздрава России

Автор, ответственный за переписку.
Email: galinagh@bk.ru

д.м.н., проф., зав. каф. микробиологии и вирусологии № 2

Россия, Ростов-на-Дону

М. П. Костинов

ФГБНУ Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток имени И.И. Мечникова; ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова (Сеченовский университет)

Email: galinagh@bk.ru

заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент РАН, д.м.н., профессор, зав. лабораторией вакцинопрофилактики и иммунотерапии, зав. кафедрой эпидемиологии и современных технологий вакцинации

Россия, Москва; Москва

А. А. Алиева

ФГБОУ ВО Ростовский государственный медицинский университет Минздрава России

Email: galinagh@bk.ru

к.б.н., ассистент кафедры микробиологии вирусологии № 2

Россия, г. Ростов-на-Дону

В. В. Балахнова

ФГБОУ ВО Ростовский государственный медицинский университет Минздрава России

Email: galinagh@bk.ru

к.м.н., доцент кафедры микробиологии вирусологии № 2

Россия, г. Ростов-на-Дону

Э. Л. Алутина

ФГБОУ ВО Ростовский государственный медицинский университет Минздрава России

Email: galinagh@bk.ru

к.м.н., доцент кафедры микробиологии вирусологии № 2

Россия, г. Ростов-на-Дону

В. А. Чайкина

ФГБОУ ВО Ростовский государственный медицинский университет Минздрава России

Email: galinagh@bk.ru

ассистент кафедры детских инфекционных болезней

Россия, г. Ростов-на-Дону

В. В. Волкова

ФГБОУ ВО Ростовский государственный медицинский университет Минздрава России

Email: galinagh@bk.ru

студентка 6-го курса медико-профилактического факультета

Россия, г. Ростов-на-Дону

Список литературы

  1. Абабий И.И., Данилов Л.А., Манюк М.К., Абабий П.И., Гинда С.С., Трофимчук М.Г., Костинов М.П., Поддубиков А.В. Значения микробной флоры ротоглотки в развитии острых и хронических заболеваний верхних дыхательных путей // Инфекция и иммунитет. 2020. Т. 10, № 2. С. 359–367. [Ababii I.I., Danilov L.A., Maniuc M.K., Ababii P.I., Ghinda S.S., Trofimciuc M.G., Kostinov M.P., Poddubikov A.V. A role of oropharyngeal microbiota in developing acute and chronic diseases of the upper respiratory tract. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2020, vol. 10, no. 2, pp. 359–367. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619-ARO-809
  2. Васильева Г.И., Иванова И.А., Тюкавкина С.Ю. Цитокины — общая система гомеостатической регуляции клеточных функций // Цитология. 2001. Т. 43, № 12. С. 1101–1111. [Vasilieva G.I., Ivanova I.A., Tyukavkina S.Yu. Cytokines as a general system of homeostatic regulation of cell functions. Tsitologiia = Tsitologiia, 2001, vol. 43, no. 12, pp. 1101–1111. (In Russ.)]
  3. Егорова В.Б., Черкашин М.П., Колмакова А.Ю. Часто болеющие дети: клинические особенности и микробиоценоз верхних дыхательных путей // Вестник Северо-Восточного федерального университета имени М.К. Аммосова. Серия: Медицинские науки. 2019. № 2. С. 43–47. [Egorova V.B., Cherkashin M.P., Kolmakova A.Y. Children who get sick often: clinical features and microbiological characteristics of upper respiratory ways. Vestnik Severo-Vostochnogo federal’nogo universiteta imeni M.K. Ammosova = Vestnik of North-Eastern Federal University, 2019, no. 2, pp. 43–47. (In Russ.)] doi: 10.25587/ SVFU.2019.2(15).31311
  4. Каннер Е.В., Горелов А.В. Сочетанные острые респираторные инфекции у детей // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2017. № 3. С. 72–77. [Kanner E.V, Gorelov A.V. Combined acute respiratory infections in children. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. Aktual’nye voprosy = Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items, 2017, no. 3, pp. 72–77. (In Russ.)] doi: 10.26442/26586630.2020.1.200082
  5. Лопатин А.С., Азизов И.С., Козлов Р.С. Микробиом полости носа и околоносовых пазух в норме и при патологии. Часть I // Российская ринология. 2021. Т. 29, № 1. С. 23–30. [Lopatin A.S., Azizov I.S., Kozlov R.S. Microbiome of the nasal cavity and the paranasal sinuses in health and disease (literature review). Part I. Rossiiskaya rinologiya = Russian Rhinology, 2021, vol. 29, no. 1, pp. 23–30. (In Russ.)] doi: 10.17116/rosrino20212901123
  6. Старикова Е.В., Галеева Ю.C., Ильина Е.Н. Роль микробиома верхних дыхательных путей в здоровье человека: барьерная функция // Пульмонология. 2022. Т. 32, № 6. С. 876–884. [Starikova E.V., Galeeva Yu.S., Il’ina E.N. The upper respiratory tract microbiome and its role in human health: Barrier function. Pulmonologiya = Pulmonologiya, 2022, vol. 32, no. 6, pp. 876–884. (In Russ.)] doi: 10.18093/0869-0189-2022-32-6-876-884
  7. Свитич О.А., Нагиева Ф.Г., Курбатова Е.А., Баркова Е.П., Харченко О.С., Строева А.Д., Пашков Е.А., Лисаков А.Н., Грачева А.В., Потапова М.Б., Файзулоев Е.Б., Зверев В.В. Вирусингибирующая активность комплекса антигенов условно-патогенных бактерий в отношении коронавируса SARS-CoV-2 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2023. Т. 100, № 2. C. 143–152. [Svitich O.A., Nagieva F.G., Kurbatova E.A., Barkova E.P., Kharchenko O.S., Stroeva A.D., Pashkov E.A., Lisakov A.N., Gracheva A.V., Potapova M.B., Faizuloev E.B., Zverev V.V. Virus-inhibitory activity of the antigen complex of opportunistic pathogenic bacteria against SARS-CoV-2. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii = Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 2023, vol. 100, no. 2, pp. 143–152. (In Russ.)] doi: 10.36233/0372-9311-309
  8. Харсеева Г.Г., Воронина Н.А., Тюкавкина С.Ю. Влияние Corynebacterium non diphtheriae на функциональную активность и апоптоз макрофагов // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2014. № 6. С. 96–100. [Kharseeva G.G., Voronina N.A., Tiukavkina S.Iu. Effect of Corynebacterium non diphtheriae on functional activity and apoptosis of macrophages. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii = Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 2014, no. 6, pp. 96–100. (In Russ.)]
  9. Шабалдин А.В., Шабалдина Е.В., Симбирцев А.С. Особенности микробиома верхних отделов респираторного тракта у детей с рецидивирующими респираторными заболеваниями // Инфекция и иммунитет. 2017. Т. 7, № 5. С. 341–349. [Shabaldin A.V., Shabaldina E.V., Simbirtsev A.S. Features of the microbiome of the upper respiratory tract in children with recurrent respiratory diseases. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2017, vol. 7, no. 4, pp. 341–349. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619-2017-4-341-349
  10. Diaz-Diaz A., Garcia-Maurino C., Jordan-Villegas A., Naples J., Ramilo O., Mejias A. Viral bacterial interactions in children: impact on clinical outcomes. Pediatr. Infect. Dis. J., 2019, vol. 38, no. 6S (Suppl. 1), pp. S14–S19. doi: 10.1097/INF.0000000000002319
  11. Gupta A., Karyakarte R., Joshi S., Das R., Jani K., Shouche Y., Sharma A. Nasopharyngeal microbiome reveals the prevalence of opportunistic pathogens in SARS-CoV-2 infected individuals and their association with host types. Microbes. Infect., 2022, vol. 24, no. 1: 104880. doi: 10.1016/j.micinf.2021.104880
  12. Harrison A.G., Lin T., Wang P. Mechanisms of SARS-CoV-2 transmission and pathogenesis. Trends Immunol., 2020, vol. 41, no. 12, pp. 1100–1115. doi: 10.1016/j.it.2020.10.004
  13. Kumpitsch C., Koskinen K., Schöpf V., Moissl-Eichinger C. The microbiome of the upper respiratory tract in health and disease. BMC Biol., 2019, vol. 17, no. 1: 87. doi: 10.1186/s12915-019-0703-z
  14. Lee K.H., Gordon A., Shedden K., Kuan G., Ng S., Balmaseda A., Foxman B. The respiratory microbiome and susceptibility to influenza virus infection. PLoS One, 2019, vol. 14, no. 1: e0207898. doi: 10.1371/journal.pone.0207898

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рисунок. Частота встречаемости геномов герпесвирусов и других респираторных вирусов у детей с ОРИ и практически здоровых

Скачать (258KB)
Метаданные

© Тюкавкина С.Ю., Харсеева Г.Г., Костинов М.П., Алиева А.А., Балахнова В.В., Алутина Э.Л., Чайкина В.А., Волкова В.В., 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».