База данных «Нуклеотидные последовательности генома изолятов ВИЧ-1 в Приволжском федеральном округе»

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Цель исследования. Оптимизация эпидемиологического надзора за распространением лекарственно-устойчивых штаммов ВИЧ в Приволжском федеральном округе (ПФО) путем внедрения современных технологий сбора, хранения, обработки, выгрузки и анализа данных, полученных в ходе исследований резистентности ВИЧ к антиретровирусным препаратам (АРП).

Материалы и методы. Нуклеотидные последовательности генома ВИЧ-1 получали секвенированием фрагментов гена pol (pro, rev, int) образцов инфицированных пациентов из ПФО. Молекулярно-генетические, эпидемиологические и клинико-лабораторные данные были объединены и интегрированы с помощью функционала сводных таблиц и встроенного языка языка VBA Microsoft Excel в единый цифровой формат.

Результаты. Создана база данных (БД) «Нуклеотидные последовательности генома изолятов ВИЧ-1 в ПФО», содержащая информацию о 1201 образце ВИЧ-инфицированных, обследованных на наличие лекарственной устойчивости (ЛУ) ВИЧ с 2016 по 2023 г. БД позволяет выполнять анализ распространенности мутаций резистентности, субтипов ВИЧ, ЛУ к АРП, получить выборку пациентов по возрасту, полу, стадии ВИЧ-инфекции, препаратам и схемам терапии, приверженности, клинико-лабораторным параметрам. Выгрузка данных осуществляется в форматах Excel, PNG, JPEG, PDF, а нуклеотидных последовательностей ― в формате FASTA.

Заключение. Представленная БД оптимизирует проведение молекулярно-эпидемиологического мониторинга ЛУ ВИЧ и расследование случаев заражения ВИЧ, в том числе и с помощью филогенетического анализа при осуществлении эпидемиологического надзора за ВИЧ-инфекцией в ПФО.

Об авторах

Ольга Юрьевна Пекшева

Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной

Email: peolinn@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-1621-4962

врач клинической лабораторной диагностики, заведующая лабораторией Приволжского окружного центра по профилактике и борьбе со СПИДом

Россия, Нижний Новгород

Наталья Николаевна Зайцева

Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной

Email: zaytseva@nniiem.ru
ORCID iD: 0000-0001-5370-4026

д.м.н., директор

Россия, Нижний Новгород

Ольга Владимировна Парфенова

Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной

Email: olgaparfenova1960@mail.ru

к.б.н., биолог Приволжского окружного центра по профилактике и борьбе со СПИДом

Россия, Нижний Новгород

Светлана Ивановна Лямшаева

Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной

Email: liamchaeva@yandex.ru

врач клинической лабораторной диагностики Приволжского окружного центра по профилактике и борьбе со СПИДом

Россия, Нижний Новгород

Владимир Юрьевич Епифанов

ООО «ГК «Иннотех»

Автор, ответственный за переписку.
Email: v.y.epifanov@yandex.ru

эксперт Центра компетенций управления предприятием Дивизиона внедрения и консалтинга

Россия, Москва

Список литературы

  1. Доклад по результатам исследования по оценке социально-экономических потерь общества от эпидемии ВИЧ/СПИД в России. Аналитический центр при Правительстве Российской Федерации. М., 2020. 264 с. Report on the results of a study on the assessment of socio-economic losses of society from the HIV epidemic/AIDS in Russia. Analytical Center under the Government of the Russian Federation. Moscow, 2020. 264 p. (In Russ.).
  2. Зайцева Н.Н., Кузоватова Е.Е., Пекшева О.Ю., Тузова И.Н. ВИЧ-инфекция в Приволжском федеральном округе в 2023 г. Информационный бюллетень № 94. Нижний Новгород, 2024; (94): 1–54. Zaytseva, N.N., Kuzovatova E.E., Peksheva O.Yu., Tuzova I.N. HIV infection in the Volga Federal District in 2023. Information bulletin № 94. Nizhny Novgorod, 2024; (94): 1–54. (In Russ.).
  3. Ожмегова Е.Н., Бобкова М.Р. Лекарственная устойчивость ВИЧ: прежние и современные тенденции. Вопросы вирусологии 2022; 67(3): 193–205. doi: 10.36233/0507-4088-113. Ozhmegova E.N., Bobkova M.R. HIV drug resistance: past and current trends. Problems of Virology 2022; 67(3): 193–205. (In Russ.). doi: 10.36233/0507-4088-113
  4. Киреев Д.Е., Кириченко А.А., Лопатухин А.Э., Шлыкова А.В., Галкин Н.Ю., Савельер Е.В. и др. Российская база данных устойчивости ВИЧ к антиретровирусным препаратам. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2023; 100(2): 219–227. DOI: 10/36233/0372-9311-345. Kireev D.E., Kirichenko A.A., Lopatukhin A.E., Shlykova A.V., Galkin N.Yu., Saveler E.V. et al. The Russian database of HIV antiretroviral drugs resistance. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2023; 100(2): 219–227. (In Russ.). DOI: 10/36233/0372-9311-345
  5. Кузнецова А.И., Бобков В.Г., Лебедев А.В., Туманов А.С., Ким К.В., Чайковская Н.Э. и др. RuSIDA: онлайн-ресурс для сбора, хранения и анализа эпидемиолого-демографических и клинико-лабораторных данных пациентов. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессия. 2022; 14(4): 49–58. doi: 10.22328/2077-9828-2022-14-4-49-58. Kuznetsova A.I., Bobkov V.G., Lebedev A.V., Tumanov A.S., Kim K.V., Chaikovskaia N.E. et al. RuSIDA: the online resource for the collection, storage and analysis of epidemiologicel, demographic and clinical laboratory data of patients. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders. 2022; 14(4): 49–58. (In Russ.). doi: 10.22328/2077-9828-2022-14-4-49-58
  6. Лопатухин А., Ладная Н., Кириллова Л., Киреев Д., Никотина Л., Щепинова О. и др. ВИЧ-инфекция: применение методов генотипирования ВИЧ и филогенетического анализа при эпидемиологическом расследовании. Врач 2015; (2): 2–4. Lopatukhin A.E., Ladnaya N.A., Kirillova L., Kireev D.E., Nikotina L., Shchepinova O. et al. HIV infection: the use of HIV genotyping and phylogenetic analysis methods in epidemiological investigation. Vrach 2015; (2): 2–4. (In Russ.).
  7. Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е. Молекулярно-генетические методы анализа в расследовании нозокомиальных вспышек ВИЧ-инфекции. Инфекционные болезни 2020; 18(1): 53–59. doi: 10.20953/1729-9225-2020-1-53-59. Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E. Molecular-genetic methods of analysis for investigations of HIV-outbreaks. Infectious Diseases 2020; 18(1): 53–59. (In Russ.). doi: 10.20953/1729-9225-2020-1-53-59
  8. Зайцева Н.Н., Парфенова О.В., Пекшева О.Ю., Ефимов Е.И., Потемина Л.П., Абрамян Т.Л. Опыт использования филогенетического анализа в эпидемиологическом расследовании случая заражения ВИЧ-инфекцией. Проблемы особо опасных инфекций 2016; (1): 61–63. doi: 10.21055/0370-1069-2016-1-61-63. Zaytseva N.N., Parfenova O.V., Peksheva O.Yu., Efimov E.I., Potemina L.P., Abramyan T.L. Experience in Use of Phylogenetic Analysis for Epidemiological Investigation of HIV Infection Case. Problems Problems of Particularly Dangerous Infections 2016; (1): 61–63. (In Russ.). doi: 10.21055/0370-1069-2016-1-61-63
  9. Bernard E.J., Azad Y., Vandamme A.M., Weait M., Geretti A.M. [HIV forensics: pitfalls and acceptable standards in the use of phylogenetic analysis as evidence in criminal investigations of HIV transmission. HIV. Med. 2007; 8(6): 382–387. doi: 10.1111/j.1468-1293.2007.00486.x

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. «Основная сводная таблица» БД

Скачать (507KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Форма для создания «сводной таблицы» по определенным признакам

Скачать (249KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Иллюстрация работы БД с выбранными критериями на примере пациентов с неэффективностью APT в ПФО в 2016–2019 и 2021–2023 гг.

Скачать (129KB)
Метаданные

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».