Журнал «Центр и периферия» основан в 2003 г. по решению Ученого совета НИИ гуманитарных наук при Правительстве Республики Мордовия как научно-публицистический альманах, в 2003 г. вышел первый номер. В 2004 - 2005 гг. альманах не издавался. В 2006 г. возобновил деятельность со статусом межрегионального (в состав редколлегии вошли руководители и ведущие специалисты поволжских научных учреждений и вузов), и в 2007 г. в свет вышел очередной номер. В том же году был подписан договор между НИИ гуманитарных наук при Правительстве Республики Мордовия как учредителя со статусом редакции и Институтом российской истории Российской академии наук о совместном издании научно публицистического журнала «Центр и периферия».

 С 2008 г. выходит как регулярное научное издание с целью популяризировать региональную историческую науку. В связи с этим были определены рубрики журнала, освещающие актуальные проблемы истории, культурологии, политологии, этнографии, искусствоведения и др.

  С 2014 г. журнал издается при поддержке Регионального отделения Общероссийской общественно-государственной организации «Российское военно-историческое общество» в Республике Мордовия.

  В 2017 г. журнал «Центр и периферия» был включен в Перечень рецензируемых научных изданий, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученой степени кандидата и доктора наук.