Молекулярная идентификация нематоды Ditylenchus destructor методом полимеразной цепной реакции с использованием специфических праймеров в Московской области

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Картофель Solanum tuberosum L. - одна из наиболее важных продовольственных и технических культур, а Ditylenchus destructor является патогенной нематодой картофеля и числится в качестве карантинного вредного организма во многих странах и регионах. Поэтому был оптимизирован протокол полимеразной цепной реакции (ПЦР), который надежно и быстро идентифицирует деструктор Ditylenchus. Видоспецифичный внутренний транскрибируемый спейсер (ITS) использовали в качестве праймера гена рибосомальной ДНК деструктора Ditylenchus. Некоторые популяции этого вида в Московской области были исследованы с помощью видоспецифического праймера ПЦР. Новая последовательность из ITS-рРНК была депонирована в GenBank под инвентарным номером MN122076. Современная молекулярная техника лучше подходит для различения видов нематод, поскольку она практична, быстра и точна.

Об авторах

Нилоуфар Махмуди

Российский университет дружбы народов; Всероссийский центр карантина растений (ВНИИКР)

Автор, ответственный за переписку.
Email: niloofarmahmoodi@ymail.com

аспирант, агробиотехнологический департамент, Аграрно-технологический институт

Москва, Российская Федерация

Юсеф Насерзаде

Российский университет дружбы народов; Всероссийский центр карантина растений (ВНИИКР)

Email: unaserzadeh@gmail.com

аспирант, агробиотехнологический департамент, Аграрно-технологический институт

Москва, Российская Федерация

Елена Николаевна Пакина

Российский университет дружбы народов

Email: e-pakina@yandex.ru

кандидат биологических наук, доцент, агробиотехнологический департамент, Аграрнo-технологический институт

Москва, Российская Федерация

Людмила Алексеевна Лиманцева

Всероссийский центр карантина растений (ВНИИКР)

Email: Limantseva.ludmila@vniikr.ru

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник

Московская область, Российская Федерация

Давуд Картули Неджад

Университет Семнан

Email: Kartooli58@gmail.com

доцент кафедры лесоводства, факультет исследований пустынь

Семнан, Иран

Список литературы

  1. López M, Riegel R, Lizana C, Behn A. Identification of virus and nematode resistance genes in the Chilota Potato Genebank of the Universidad Austral de Chile. Chilean journal of agricultural research. 2015; 75(3):320-327. doi: 10.4067/S0718-58392015000400008
  2. Scurrah MI, Niere B, Bridge J. Nematode parasites of solanum and sweet potatoes. In: Luc M, Sikora RA, Bridge J. (eds.) Plant parasitic nematodes in subtropical and tropical agriculture. 2nd ed. Wallingford, UK: CABI Publishing; 2005. p. 193-219. doi: 10.1079/9780851997278.0193
  3. Hijmans RJ. The effect of climate change on global potato production. American journal of potato research. 2003; 80(4):271-279. doi: 10.1007/BF02855363
  4. Nicol JM, Turner SJ, Coyne DL, Den Nijs L, Hockland S, Maafi ZT. Current nematode threats to world agriculture. In: Jones J, Gheysen G, Fenoll C. (eds.) Genomics and molecular genetics of plant-nematode interactions. Dordrecht: Springer; 2011. p. 21-43. doi: 10.1007/978-94-0070434-3_2
  5. Fortuner R. On the genus Dilylenchus Filipjev, 1936 (Nernatoda: Tylenchida). Revue Nematol. 1982; 5(1):17-38.
  6. Thorne G. Ditylenchus destructor n. sp. the potato rot nematode, and Ditylenchus dipsaci (Kühn, 1857) Filipjev, 1936, the teasel nematode (Nematoda: Tylenchidae). Proceedings of the helminthological Society of Washington. 1945; 12(2):27-34.
  7. Plowright RA, Caubel G, Mizen KA. Plant resistance to parasitic nematodes. In: Starr JL, Cook R, Bridge J. (eds.) Ditylenchus species. Wallingford, UK: CABI Publishing; 2002. p. 107- 139. doi: 10.1079/9780851994666.0107
  8. Hodda M, Nobbs J. A review of current knowledge on particular taxonomic features of the Australasian nematode fauna, with special emphasis on plant feeders. Australasian Plant Pathology. 2008; 37(3):308-317. doi: 10.1071/AP08024
  9. Kruus E. Impact of trade on distribution of potato rot nematode (Ditylenchus destructor) and other plant nematodes. Agronomy Research. 2012; 10(1-2):319-328.
  10. Powers TJARP. Nematode molecular diagnostics: from bands to barcodes. Annu Rev Phytopathol. 2004; 42:367-383. doi: 10.1146/annurev.phyto.42.040803.140348
  11. Naserzadeh Y, Kartoolinejad D, Mahmoudi N, Zargar M, Pakina E, Heydari M, Astarkhanova T, Kavhiza NJ. Nine strains of Pseudomonas fluorescens and P. putida: Effects on growth indices, seed and yield production of Carthamus tinctorius L. Research on Crops. 2018; 19(4):622- 632. doi: 10.31830/2348-7542.2018.0001.39
  12. Marek M, Zouhar M, Rysanek P, Havranek P. Analysis of ITS sequences of nuclear rDNA and development of a PCR-based assay for the rapid identification of the stem nematode Ditylenchus dipsaci (Nematoda: Anguinidae) in plant tissues. Helminthologia. 2005; 42(2):49-56.
  13. Esquibet M, Grenier E, Plantard O, Andaloussi FA, Caubel G. DNA polymorphism in the stem nematode Ditylenchus dipsaci: development of diagnostic markers for normal and giant races. Genome. 2003; 46(6):1077-1083. doi: 10.1139/g03-072
  14. Subbotin SA, Madani M, Krall E, Sturhan D, Moens M. Molecular diagnostics, taxonomy, and phylogeny of the stem nematode Ditylenchus dipsaci species complex based on the sequences of the internal transcribed spacer-rDNA. Phytopathology. 2005; 95(11):1308-1315. doi: 10.1094/PHYTO-95-1308
  15. Naserzadeh Y, Mahmoudi N. Chelating effect of black tea extract compared to citric acid in the process of the oxidation of sunflower, canola, olive, and tallow oils. International Journal of Agricultural and Biosystems Engineering. 2018; 12 (5): 5. doi: 10.13140/RG.2.2.12552.26887
  16. Fand BB, Amala U, Yadav D, Rathi G, Mhaske SH, Upadhyay A, et al. Bacterial volatiles from mealybug honeydew exhibit kairomonal activity toward solitary endoparasitoid Anagyrus dactylopii. Journal of Pest Science. 2019:1-12. doi: 10.1007/s10340-019-01150-4
  17. OEPP/EPPO. PM 7/87(2) Ditylenchus destructor and Ditylenchus dipsaci. Bulletin OEPP/ EPPO Bulletin. 2017; 47(3):401-419. doi: 10.1111/epp.12433
  18. Naserzadeh Y, Mahmoudi N, Pakina E. Antipathogenic effects of emulsion and nanoemulsion of cinnamon essential oil against Rhizopus rot and grey mold on strawberry fruits. Foods and Raw materials. 2019; 7(1):210-216. doi: 10.21603/2308-4057-2019-1-210-216

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать


Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».