CHROMATIN REMODELING COMPLEX PBAF ACTIVATES AND REPRESSES INFLAMMATORY GENES

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The PBAF chromatin remodeling complex regulates chromatin state and gene transcription in higher eukaryotes. In this work, we studied the role of PBAF in the regulation of NF–κB-and JAK/STAT-dependent activation of inflammatory genes. We performed knockdown of specific module subunit BAF200 resulted in destruction of the entire PBAF specific module and changed the level of the genes transcription of both pathways. PBAF can be both an activator and a repressor of inflammatory genes. Thus, PBAF is one of the important regulators of inflammatory gene expression.

About the authors

A. V. Feoktistov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences; Center for Precision Genome Editing and Genetic Technologies for Biomedicine, Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: a.feo95@mail.ru
Russian Federation, Moscow; Russian Federation, Moscow

S. G. Georgieva

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: a.feo95@mail.ru
Russian Federation, Moscow

N. V. Soshnikova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences; Center for Precision Genome Editing and Genetic Technologies for Biomedicine, Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: a.feo95@mail.ru
Russian Federation, Moscow; Russian Federation, Moscow

References

  1. Yuan J. et al., Structure of human chromatin-remodelling PBAF complex bound to a nucleosome, // Nature, 2022. V. 605. P. 166–171.
  2. Centore R.C. et al., Mammalian SWI/SNF Chromatin Remodeling Complexes: Emerging Mechanisms and Therapeutic Strategies, // Trends in Genetics., 2020. V. 36. № 12. P. 936–950.
  3. Ishizaka A. et al., Double plant homeodomain (PHD) finger proteins DPF3a and -3b are required as transcriptional co-activators in SWI/SNF complex-dependent activation of NF-κB RelA/p50 heterodimer, // Journal of Biological Chemistry., 2012. V. 287. № 15. P. 11924–11933.
  4. Ramirez-Carrozzi V.R. et al., A unifying model for the selective regulation of inducible transcription by CpG islands and nucleosome remodeling // Cell., 2009. V. 138. № 1. P. 114–128.
  5. Gioacchino Natoli, NF-κB and chromatin: ten years on the path from basic mechanisms to candidate drugs // Immunological Reviews., 2012. V. 246. № 1. P. 183–192.
  6. Ramirez-Carrozzi V.R. et al., Selective and antagonistic functions of SWI/SNF and Mi-2β nucleosome remodeling complexes during an inflammatory response // Genes & Development., 2006. V. 20. P. 282–296.
  7. Chen M. et al., CDK8/19 Mediator kinases potentiate induction of transcription by NfκB // PNAS., 2017. V. 114. № 38. P. 10208–10213.
  8. Tatarskiy V.V. et al., Stability of the PHF10 subunit of PBAF signature module is regulated by phosphorylation: role of β-TrCP // Scientific Reports., 2017. V. 7. P. 5645.
  9. Brechalov A.V. et al., Mammalian cells contain two functionally distinct PBAF complexes incorporating different isoforms of PHF10 signature subunit // Cell Cycle., 2014. V. 13. № 12. P. 1970–1979.
  10. Soshnikova N.V. et al., PHF10 subunit of PBAF complex mediates transcriptional activation by MYC // Oncogene., 2021. V. 40. № 42. P. 6071–6080.
  11. Vorobyeva N.E. et al., Transcription coactivator SAYP combines chromatin remodeler Brahma and transcription initiation factor TFIID into a single supercomplex // PNAS., 2009. V. 106. № 27. P. 11049–11054.
  12. Min S. et al., Transcriptional regulation and chromatin dynamics at DNA double-strand breaks // Experimental & Molecular Medicine., 2022. V. 54. P. 1705–1712.
  13. Musladin S. et al., The RSC chromatin remodeling complex has a crucial role in the complete remodeler set for yeast PHO5 promoter opening // Nucleic Acids Research., 2014. V. 42. № 7. P. 4270–4282.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
2.

Download (365KB)
3.

Download (276KB)
4.

Download (254KB)

Copyright (c) 2023 А.В. Феоктистов, С.Г. Георгиева, Н.В. Сошникова

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».