THE DIPOLARCALC SOFTWARE SYSTEM FOR ASSESSING THE POLARIZATION OF BIOLOGICAL MOLECULAR STRUCTURES

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The unique DipolarCalc software system is presented, which makes it possible to calculate the polarization of biomolecules through the total dipole moment of chemical bonds of “functional topological atoms” (FTA). The program implements a user-friendly interface that provides intuitive data entry and visualization of calculation results, as well as uses analytical expressions that allow accurate calculations to be performed in real time. The presented software package is aimed at use in computational biology and provides researchers with a convenient tool for modeling intramolecular and intermolecular interactions of biological molecular structures.

About the authors

I. K. Il’in

Lomonosov Moscow State University

Email: ilia.ilin.k@gmail.com
Moscow, Russia

Yu. A. Uss

Lomonosov Moscow State University

Email: ussyuri@gmail.com
Moscow, Russia

M. V. Shamolin

Lomonosov Moscow State University

Email: shamolin@rambler.ru
Moscow, Russia

L. A. Yan’ko

Lomonosov Moscow State University

Email: leanidyanko@yandex.ru
Moscow, Russia

References

  1. Pauling L. The Nature of the Chemical Bond and the Structure of Molecules and Crystals: An Introduction to Modern Structural Chemistry. Cornell University Press, 1960. 644 p.
  2. Ильин И.К., Янько Л.А., Усс Ю.А. Про граммная система DipolarCalc, 2025. https://github.com/ilia-ilin/DipolarCalc.git
  3. Никифоров А.И., Садовников Р.В. Примене ние методов параллельного программиро вания для моделирования потокоотклоня ющих технологий на компьютерах с ги бридной архитектурой // Программирова ние. 2019. № 1. С. 43–51.
  4. Аветисян А.И., Гайсарян С.С., Самоваров О.И. Возможности оптимального выполне ния параллельных программ, содержащих простые и итерированные циклы на неод нородных параллельных вычислительных системах с распределенной памятью // Программирование. 2002. № 1. С. 38–54.
  5. Морозов Д.Н., Трапезникова М.А., Четверуш кин Б.Н., Чурбанова Н.Г. Моделирование задач фильтрации на гибридных вычисли тельных системах // Матем. моделирование. 2012. Т. 24. № 10. С. 33–39.
  6. Allred A. L. (1961). Electronegativity values from thermochemical data // Journal of Inorganic and Nuclear Chemistry. 1961. V. 17(3-4). Р. 215–221.
  7. Норманская Ю.В., Борисенко О.Д., Белоборо дов И.Б., Аветисян А.И. Программная си стема LingvoDoc и возможности, которые она предлагает для документирования и ана лиза орбско-угорских языков // Доклады РАН. Математика, информатика, процессы управления. 2022. T. 504. № 1. С. 60–82.
  8. Xiaoming H. The application of queuing theory in harbour programming [J] // Journal of Qingdao university engineering & Technology edition. 1996. № 3.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2025 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».