Применение методов цифровой обработки для автоматизированной сегментации сердца по данным компьютерной томографии

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Компьютерная томография как метод неразрушающего исследования внутренней структуры объектов в настоящее время широко применяется в кардиохирургии, в том числе для решения специфических задач, включающих математическое моделирование физиологических процессов, проведение хирургических вмешательств в дополненной реальности, трехмерную печать, радиомику. Одним из ключевых этапов в создании трехмерной модели по данным компьютерной томографии является сегментация — процесс выделения объектов на изображении. В настоящее время существует несколько подходов к автоматизации процесса сегментации, включающих применение методов обработки изображений, текстурного анализа и алгоритмов машинного обучения (в частности, кластеризации). Методы обработки изображений являются наиболее простым из представленных подходов и встречаются в различных приложениях для сегментации томографических данных. В работе проведен обзор преимуществ и недостатков различных методов обработки изображений (пороговая бинаризация, выращивание областей, обнаружение контуров и сегментация по морфологическим водоразделам) как инструментов автоматизированной сегментации сердца по данным компьютерной томографии. Выявлено, что изображения, получаемые при компьютерной томографии, обладают характерными особенностями, влияющими на процесс сегментации (наличие шумов, эффект частичного объема и т. д.). Выбор метода сегментации основывается на яркостных характеристиках области интереса и требует знания предметной области, поэтому должен осуществляться специалистом, обладающим компетенциями в области анатомии и цифровой обработки изображений. В качестве самостоятельных способов автоматизированной сегментации перечисленные методы применимы только в относительно простых случаях (выделение однородных или высококонтрастных областей), в противном случае требуются комбинация этих методов, применение алгоритмов машинного обучения или ручной коррекции результатов.

Об авторах

Александр Вадимович Ширшин

Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова; Национальный исследовательский университет ИТМО

Автор, ответственный за переписку.
Email: asmdot@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-1494-9626
SPIN-код: 4412-0498

врач-рентгенолог клиники рентгенорадиологии и ультразвуковой диагностики, аспирант факультета систем управления и робототехники

Россия, 194044, Санкт-Петербург, ул. Академика Лебедева, д. 6Ж; Санкт-Петербург

Игорь Валерьевич Бойков

Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова

Email: qwertycooolt@mail.ru

докт. мед. наук, заместитель начальника кафедры рентгенологии и радиологии

Россия, Санкт-Петербург

Владимир Николаевич Малаховский

Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова

Email: malakhovskyvova@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-0663-9345
SPIN-код: 2014-6335

докт. мед. наук, профессор, ассистент кафедры рентгенологии и радиологии

Россия, Санкт-Петербург

Тамара Евгеньевна Рамешвили

Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова

Email: t.rameshvili@mail.ru

докт. мед. наук, профессор, доцент кафедры рентгенологии и радиологии

Россия, Санкт-Петербург

Сергей Владимирович Кушнарев

Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова

Email: S.v.kushnarev@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-2841-2990
SPIN-код: 5859-0480

канд. мед. наук, преподаватель кафедры рентгенологии и радиологии

Россия, Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Shumakov I.V., Sukhova M.B. MSCT Coronary Angiography in Diagnosis of Chronic Coronary Occlusions // Sovremennye tehnologii v medicine. 2018. Vol. 10, No. 2. P. 118–124. doi: 10.17691/stm2018.10.2.13
  2. Latina J., Shabani M., Kapoor K., et al. Ultra-High-Resolution Coronary CT Angiography for Assessment of Patients with Severe Coronary Artery Calcification: Initial Experience // Radiol. Cardiothorac. Imaging. 2021. Vol. 3, No. 4. P. e210053. doi: 10.1148/ryct.2021210053
  3. Niederer S.A., Lumens J., Trayanova N.A. Computational models in cardiology // Nat. Rev. Cardiol. 2019. Vol. 16, No. 2. P. 100–111. doi: 10.1038/s41569-018-0104-y
  4. Arjomandi Rad A., Vardanyan R., Thavarajasingam S.G., et al. Extended, virtual and augmented reality in thoracic surgery: a systematic review // Interact. Cardiovasc. Thorac. Surg. 2022. Vol. 34, No. 2. P. 201–211. doi: 10.1093/icvts/ivab241
  5. Vukicevic M., Mosadegh B., Min J.K., Little S.H. Cardiac 3D Printing and its Future Directions // JACC Cardiovasc. Imaging. 2017. Vol. 10, No. 2. P. 171–184. doi: 10.1016/j.jcmg.2016.12.001
  6. Oikonomou E.K., Williams M.C., Kotanidis C.P., et al. A novel machine learning-derived radiotranscriptomic signature of perivascular fat improves cardiac risk prediction using coronary CT angiography // Eur. Heart J. 2019. Vol. 40, No. 43. P. 3529–3543. doi: 10.1093/eurheartj/ehz592
  7. Садыкова Г.К., Железняк И.С., Ипатов В.В., Рязанов В.В. Возможности применения многоплоскостных реформаций, ориентированных на оси сердца, в диагностике общего артериального ствола при рентгеновской компьютерной томографии // Вестник Российской Военно-медицинской академии. 2018. № 1(61). С. 132–138.
  8. Абдулракеб А.Р.А. Модификация порогового метода сегментации полутоновых изображений // Радиотехнические и телекоммуникационные системы. 2017. № 2 (26). С. 50–58.
  9. Borrelli P., Kaboteh R., Enqvist O., et al. Artificial intelligence-aided CT segmentation for body composition analysis: a validation study // Eur. Radiol. Exp. 2021. Vol. 5, No. 1. P. 11. doi: 10.1186/s41747-021-00210-8
  10. Fedorov A., Beichel R., Kalpathy-Cramer J., et al. 3D Slicer as an image computing platform for the Quantitative Imaging Network // Magn. Reason. Imaging. 2012. Vol. 30, No. 9. P. 1323–1341. doi: 10.1016/j.mri.2012.05.001
  11. Yushkevich P.A., Piven J., Hazlett H.C., et al. User-guided 3D active contour segmentation of anatomical structures: significantly improved efficiency and reliability // Neuroimage. 2006. Vol. 31, No. 3. P. 1116–1128. doi: 10.1016/j.neuroimage.2006.01.015
  12. Gonzalez R.C., Woods R.E. Digital Image Processing, Global Edition. 4th ed. London: Pearson, 2018.
  13. Матлахов В.П., Игнатов А.Н., Суслов А.Г. Разработка программного модуля для определения процентного состава компонентов износостойких покрытий // Вестник Брянского государственного технического университета. 2016. № 2 (50). С. 46–51.doi: 10.12737/20243
  14. Пашина Т.А., Гайдель А.В., Зельтер П.М., и др. Сравнение алгоритмов выделения области интереса на компьютерных томограммах легких // Компьютерная оптика. 2020. Т. 44, № 1. С. 74–81. doi: 10.18287/2412-6179-CO-659
  15. Canny J. A computational approach to edge detection // IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 1986. Vol. 8, No. 6. P. 679–698.
  16. Zhu L., Gao Y., Appia V., et al. Automatic delineation of the myocardial wall from CT images via shape segmentation and variational region growing // IEEE Trans. Biomed Eng. 2013. Vol. 60, No. 10. P. 2887–2895. doi: 10.1109/TBME.2013.2266118
  17. Sakly H., Said M., Tagina M. Evaluation of the active contour and topographic watershed segmentation “assessment of the systolic ejection fraction in the left ventricular for medical assistance in 5D short axis cine MRI” // Heliyon. 2020. Vol. 6, No. 11. P. e05547. doi: 10.1016/j.heliyon.2020.e05547

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Сегментация методом пороговой бинаризации: а — гистограмма КТ-изображения; b — диапазон значений, включенный в маску сегментации; c — результат сегментации

Скачать (233KB)
3. Рис. 2. Результат выделения контуров на исходном изображении при помощи алгоритма Кенни (для наглядности инвертированы цвета)

Скачать (117KB)
4. Рис. 3. Сегментация полостей сердца методом наращивания областей: а — задание базовых областей; b — избирательное присоединение к базовым областям окружающих пикселей; c — результат сегментации

Скачать (216KB)
5. Рис. 4. Сегментация методом морфологических водоразделов: а — яркостный рельеф исходного изображения (изображение нормализовано в диапазон 256 градаций серого, значения яркости более 127 заменены на 0); b — заполнение рельефа «водой» до значения яркости 80; c — результат сегментации

Скачать (230KB)

© Ширшин А.В., Бойков И.В., Малаховский В.Н., Рамешвили Т.Е., Кушнарев С.В., 2022

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».