Molecular phylogeny study of Xamilenis Raf. recognition as the segregate genus in the tribe Sileneae

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Background. Xamilenis is oligotypic genus recognised in tribe Sileneae sinse 2001. Conception of the Xamilenis recognition as small segregate genus was examined by molecular phylogeny methods. Materials and methods. We analyzed nuclear (ITS1-5,8S-ITS2) and chloroplast (gene trnL intron) sequences obtained from several species of the genus from different localities and compared with other Sileneae species. Phylogeny trees were constructed via neigbor joining and bayesian approaches. Results. ITS p-distances within Xamilenis genus were similar to those between Xamilenis and Silene species. Xamilenis species did not form monophyletic clade in the ITS tree. They were closely related with Silene species from subgenus Siphonomorpha. Synapomorphicindelsspecific for Xamilenis were not observedin intron trnL. Conclusion. Conception Xamilenis as the segregate genus is not confirmed by molecular phylogeny data.

About the authors

Yulia Vladimirovna Mikhaylova

Komarov Botanical Institute, Russian Academy of Sciences

Email: YMikhaylova@binran.ru
junior reseacher, Laboratory of Biosystematics and Cytology

Elena Evgen'yevna Krapivskaya

Komarov Botanical Institute, Russian Academy of Sciences

Email: krapivskaja@rambler.ru
leading engineer, Laboratory of Biosystematics and Cytology

Aleksandr Vikent'yevich Rodionov

Komarov Botanical Institute, Russian Academy of Sciences

Email: avrodionov@mail.ru
head of the laboratory, professor, Doctor of Biological Science, Laboratory of Biosystematics and Cytology

References

  1. Арктическая флора СССР. (1971) Выпуск VI: семейства Caryophyllaceae-Ranunculaceae под ред. А. И. Толмачёва. Л: Наука.
  2. Конспект флоры Кавказа. (2012) Том 3, часть 2. под ред. А. Л. Тахтаджяна. М., СПб.: Товарищество научных изданий КМК.
  3. Лазьков Г. А. (2002) Род Silene L. (Caryophyllaceae) во Флоре Евразии (систематика, распространение, история). Дисс… докт. биол. наук. СПб. Доступ в научной библиотеке БИН РАН.
  4. Михайлова Ю. В., Гусарова Г. Л., Брохман К. (2009) Молекулярная изменчивость и филогеография смолёвки бесстебельной Silene acaulis (L.) Jacq. (Caryophyllaceae) на севере Европы и архипелаге Шпицберген. Экологическая генетика. Т. 8 (3): С. 52-60.
  5. Цвелёв Н. Н. (2001) О родах трибы смолёвковых (Sileneae DC., Caryophyllaceae) в Восточной Европе. Новости систематики высших растений. Т. 33: С. 90-113.
  6. Флора Восточной Европы (2004) том XI под ред. Н. Н. Цвелёва. М., СПб.: Товарищество научных изданий КМК.
  7. Флора СССР (1936) том VI под ред. Б. К. Шишкина. M.: Издательство Академии Наук CCCP.
  8. Benson D. A., Karsch-Mizrachi I., Lipman D. J. et al. (2005) GenBank. Nucleic Acids Research. V. 33 (Database issue): D34-D38.
  9. Burleigh J. G., Holtsfold T. P. (2003) Molecular Systematics of the Eastern North American Silene (Caryophyllaceae): evidence from nuclear ITS and chloroplast trnL intron sequences. Rhodora. V. 105: P. 76-90.
  10. Doyle J. J., Doyle J. L. (1987) A rapid DNA isolation procedure from small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem. Bull. V.19: P. 11-15.
  11. EMBL-EBI MAFFT. Cited 4.06.2014. URL: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mafft/.
  12. Eggens F., Popp M., Nepokroeff M. et al. (2007) The origin and number of introductions of the Hawaiian endemic Silene species (Caryophyllaceae). Am. J. Bot. V. 94: P. 210-218.
  13. Frajman B., Eggens F., Oxelman B. (2009a) Hybrid origin and homoploid reticulate evolution within Heliosperma (Sileneae, Caryophyllaceae) - a multigene phylogenetic approach with relative dating. Systematic Biology. V. 58: P. 328-345.
  14. Frajman B., Heidari N., Oxelman B. (2009b) Phylogenetic relationships of Atocion and Viscaria (Sileneae, Caryophyllaceae). Taxon. V. 58: P. 811-824.
  15. GeneBank Cited 4.06.2014. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/.
  16. Huelsenbeck J. P., Ronquist. F. (2001) MRBAYES: Bayesian inference of phylogeny. Bioinformatics. V. 17: P. 754-755.
  17. Ingvarsson P. K., Ribstein S., Taylor D. B. (2003) Molecular evolution of insertion and deletion in the chloroplast genome of Silene. Molecular Biology and Evolution. V. 20: P. 1737-1740.
  18. Katoh K., Toh H. (2008) Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program. Briefings in bioinformatics. V. 9: P. 286-298.
  19. Keane T. M., Creevey C. J., Pentony M. M. et al. (2006) Assessment of methods for amino acid matrix selection and their use on empirical data shows that ad hoc assumptions for choice of matrix are not justified. BMC Evolutionary Biology. V. 6: P. 29.
  20. Kim E. S., Bolsheva N. L., Samatadze T. E.et al. (2009) The unique genome of two-chromosome grasses Zingeria and Colpodium, its origin, and evolution. Russian J. of Genetics. V. 45 (11): P. 1329-1337.
  21. McWilliam H., Li W., Uludag M. et al. (2013) Analysis Tool Web Services from the EMBL-EBI. Nucleic Acids Research. V. 41 (Web Server issue): P. W597-600.
  22. Otth (1824) Silene. In DeCandolle A., editor. Prodromus Systematis Naturalis Regni Vegetabilis. Pars 1. Paris, Strasbourg, London.
  23. Oxelman B., Liden М. (1995) Generic boundaries in the tribe Sileneae (Caryophyllaceae) as inferred from nuclear rDNA sequences. Taxon. V. 44: P. 525-542.
  24. Oxelman B., Liden M., Berglund D. (1997) Chloroplast rps16 intron phyogeny of the tribe Sileneae (Caryophyllaceae). Plant Systematics and Evolution. V. 206: P. 393-410.
  25. Oxelman B., Rautenberg A., Thollesson M. et al. (2013) Sileneae taxonomy and systematics. Cited 4.06.2014. URL: www. silenae.info
  26. Pennel F. W. (1921) “Unrecorded” genera of Rafinesque - I. Auticon Botanicon (1840). Bulletin of the Torrey Botanical Club. V. 48 (3): P. 89-96.
  27. Petri A., Pfeil B. E., Oxelman B. (2013) Introgressive hybridization between anciently diverged lineages of Silene (Caryophyllaceae). PLoS ONE. V. 8 (7): e67729.
  28. Rafinesque C. S. (1840) Auticon Botanikon. Philadelphia.
  29. Rautenberg F., Hathaway L., Oxelman B., Prentice H. C. (2010) Geographic and phylogenetic patterns in Silene section Melandrium (Caryophyllaceae) as inferred from chloroplast and nuclear DNA sequences. Molecular Phylogenetic and Evolution. V. 57: P. 978-991.
  30. Ridgway K. P, Duck J. M., Young J. P. W. (2003) Identification of roots from grass swards using PCR-RFLP and FFLP of the plastid trnL (UAA) intron. BMC Ecology. V. 3: P. 3-8.
  31. Rohrbach P. (1868) Monographie der Gattung Silene. Leipzig: Verlag von Wilheim Engelmann.
  32. Taberlet P. L., Gielly G., Pautou G., Bouvet J. (1991) Universal primers for amplification of the three non-coding regions of the chloroplast DNA. Pl. Mol. Biol. V.17: P. 1105-1109.
  33. Tamura K., Peterson D., Peterson N. et al. (2011) MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Molecular Biology and Evolution. V. 28: P. 2731-2739.
  34. Warren L. (2004) Constantin Samuel Rafinesque: a voice in the American Wilderness. University Press of Kentucky.
  35. White T. J., Bruns T., Lee S., Taylor J. (1990) Amlification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In Innis M. A., Gelfand D. H., Sninsky J. I., White T. J., editors. PCR protocols: a guide to methods and applications. San Diego: Academic Press; P. 315-322.
  36. Williams F. N. (1896) A revision of the genus Silene. The Journal of the Linnean Society Botany. V. 32: 1-196.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2014 Mikhaylova Y.V., Krapivskaya E.E., Rodionov A.V.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».