The genetic structure of populations of specially protected species Androsace kozo-poljanskii ovsz. in conditions of the south at the central Russian upland using dna markers

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

At the basis of DNA markers (ISSR) the state of the gene pools of ten populations (438 individuals) specially protected relict plant species Androsace kozo-poljanskii Ovsz. Seu Androsace villosa subsp. Koso-poljanskii Fed. in Southern Central Russian Upland was studied. The data demonstrated a low level of genetic heterogeneity of populations (Ish = 0,217 ± 0,011; He = 0,131 ± 0,007), as well as a slight degree of the genetic fragmentation (Фst = 0,136, Gst = 0,091), despite the strong geographical isolation. An analysis of multilocus genotypes (methods Chao1-bc and the 1st order jackknife) revealed the group with a potentially large number and low genetic combinations. There was a low correlation between the logarithms of the level of gene flow and geographic distances between populations (r = -0,276 ± 0,141), which constitutes a violation of the isolation by distance model and strengthening of the role of stabilizing selection. It has been hypothesized of preferential settling of the studied species in the past, along the river valleys. The effective population size (Ne), which calculated on the basis of index units and regression equations were in the range of 4.9-20.4 individuals.

About the authors

Edward A Snegin

Belgorod national research university

Email: snegin@bsu.edu.ru
Dr.Biol.Sci., the senior lecturer, the head of department of ecology, physiology and biological evolution

Elena A Snegina

Belgorod national research university

Email: sneginа@bsu.edu.ru
assistant of department of ecology, physiology and biological evolution

Tatiana A Novomlinskaya

Belgorod national research university

Email: sneginа@bsu.edu.ru
undergraduate of department of ecology, physiology and biological evolution

References

  1. Виноградов Н.П., Голицын С.В. «Сниженные Альпы» и тимьянники Среднерусской возвышенности // Ботанический журн. - 1954. - Т. 39. - № 3. - С. 423-430. [Vinogradov NP, Golitsyn SV. Snizhennye-alpy-i-timyanniki-srednerusskoj-vozvyshennosti. Botanical Journal. 1954;39(3):423-430. (In Russ).]
  2. Голицын С.В. К флоре восточного крыла Верхнего Поосколья // Ботанический журнал СССР. - 1956. - № 10. - С. 1428-1438. [Golitsyn SV. To the flora of the eastern wing of the Upper Prioskolie. Botanical Journal of the USSR. 1956(10):1428-1438. (In Russ).]
  3. Динамика популяционных генофондов при антропогенных воздействиях / Под ред. Ю.П. Алтухова. - М.: Наука, 2004. [The population dynamics of the gene pools in the anthropogenic impacts. Ed by Y.P. Altukhova. Moscow: Nauka; 2004. (In Russ).]
  4. Шмальгаузен И.И. Факторы эволюции. Теория стабилизирующего отбора. - М.: Наука, 1968. [Shmal’gauzen II. The factors of evolution. The theory of stabilizing selection. Moscow: Nauka; 1968. (In Russ).]
  5. Burnham KP, Overton WS. Estimation of the size of a closed population when capture probabilities vary among animals. Biometrika. 1978;(65):625-633.
  6. Chao A. Species richness estimation. In: Balakrishnan N, Read CB, Vidakovic B, editors. Encyclopedia of Statistical Science. New York: Wiley; 2005. P. 7907-7916.
  7. Chao А, Shen T-J. SPADE. 2009. http://chao.stat.nthu.edu.tw.
  8. Excoffier L, Smouse PE, Quattro JM. Analysis of molecular variance inferred from metric distances among DNA haplotypes: application to human mitochondrial DNA restriction data. Genetics. 1992;(131):479-491.
  9. Ewens W. The sampling theory of selectively neutral alleles. Theor Pop Biol. 1972;(3):87-112.
  10. Manly BFJ. The Statistics of Natural Selection on Animal Populations. London: Chapman and Hall; 1985.
  11. Nei M. Genetic distance between populations. The American Naturalist. 1972;106(949):283-292.
  12. Nei M. Molecular population genetics and evolution. Amsterdam;1975.
  13. Peakall R, Smouse PE. GenAlEx V5: Genetic Analisis in Excel. Population genetic software for teaching and reseach. Australion National University, Canberra, Australia. 2001. http://www.anu.edu.au./BoZo/GenAlEx/.
  14. Slatkin M. Isolation by distance in equilibrium and non - equilibrium populations. Evolution. 1993;47(1):294-279.
  15. Silvertown J, Lovett Doust J. Introduction to plant population biology. Blackwell Scientific. Oxford; 1993; 210 p.
  16. Tamura K, Peterson D, Peterson N, et al. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Molecular Biology and Evolution. 2011. http://www.kumarlab.net/publications.
  17. Watterson G. The homozygosity test of neutrality. Genetics. 1978;88:405-417.
  18. Wright S. Isolation by distance. Genetics. 1943;28:114-138.
  19. Wright S. The genetical structure of populations. Ann. Eugenics. 1951;(15):323-354.
  20. Yeh FC, Yang R, Boyle TJ, et al. POPGENE 32, Microsoft Window-based Freeware for Population Genetic Analysis, Version 1.32; Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta: Edmonton, Canada. 2000. http://www.ualberta.ca/~fyeh/popgene_download.html.
  21. Zietkiewicz E, Rafalski A, Labuda D. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR) - anchored polymerase chain reaction amplification. Genomics. 1994;20(2):176-181.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2016 Snegin E.A., Snegina E.A., Novomlinskaya T.A.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».