Oropharyngeal microbiota features in patients with bronchial asthma, depending on the severity of the disease and the level of control


Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

This paper presents the results of the comparative analysis of the taxonomic composition of oropharyngeal microbiota obtained by swab from the back of the throat of the 2 groups of patients with bronchial asthma: patients with mild persistent controlled or partially controlled asthma, and patients with severe uncontrolled asthma. The swab collecting procedure was performed in a stable period of the disease without exacerbations episodes and systemic antibiotic therapy courses within the previous 4 weeks or more. Taxonomic identification of the microbiota was performed using conserved regions of bacterial 16S rRNA sequencing. The study revealed a number of differences in the representation of the identified microorganisms that make up the oropharyngeal microbiota in patients with asthma, depending on the severity of asthma, the level of control, other clinical and anamnestic features.

About the authors

S V Fedosenko

Siberian State Medical University

Email: s-fedosenko@mail.ru

L M Ogorodova

Siberian State Medical University

A S Popenko

Research Institute for Physico-Chemical Medicine, FMBA

V A Petrov

Siberian State Medical University

A V Tyacht

Research Institute for Physico-Chemical Medicine, FMBA

I V Saltykova

Siberian State Medical University

I A Deev

Siberian State Medical University

E S Kulikov

Siberian State Medical University

N A Kirillova

Siberian State Medical University

V M Govorun

Research Institute for Physico-Chemical Medicine, FMBA; Kazan (Volga) Federal University

E S Kostryukova

Research Institute for Physico-Chemical Medicine, FMBA; Kazan (Volga) Federal University

References

  1. Cénit M.C., Matzaraki V., Tigchelaar E.F., Zhernakova A. Rapidly expanding knowledge on the role of the gut microbiome in health and disease. Elsevier. 2014, v. 1842, р. 1981-1992.
  2. Spasova D.S., Surh C.D. Blowing on Embers: Commensal Microbiota and Our Immune System. Front Immunol. 2014, v. 5, р. 318.
  3. Федосенко С.В., Огородова Л.М., Карнаушкина М.А. и соавт. Состав сообщества микроорганизмов в дыхательных путях у здоровых лиц и больных бронхиальной астмой. Вестник РАМН. 2014, № 3-4, с. 71-76.
  4. Hamady М., Knight R. Microbial community profiling for human microbiome projects: Tools, techniques, and challenges. Genome Res. 2009, v. 19, р. 1141-1152.
  5. Dickson R.P., Martinez F.J., Huffnagle G.B. The role of the microbiome in exacerbations of chronic lung diseases. Thorax. 2015, v. 70, р. 74-81.
  6. Rogers G.B., Shaw D., Marsh R.L. et al. Respiratory microbiota: addressing clinical questions, informing clinical practice. J. Chron. Obstruct. Pulmon. Dis. 2014, v. 9, р. 229-238.
  7. Sze M.A., Hogg J.C., Sin D.D. Bacterial microbiome of lungs in COPD. Int. J. Chron. Obstruct. Pulmon. Dis. 2014, v. 9, р. 229-238.
  8. European Respiratory Society (ERS). Chronic obstructive pulmonary disease. In: Loddenkemper R., Gibson G.J., Sibille Y. et al. European Lung White Book - the First Comprehensive Survey on Respiratory Health in Europe. ERSJ, Huddersfield, UK. 2003, р. 34-43.
  9. Многоликая бронхиальная астма, диагностика, лечение и профилактика. Под ред. Г.Б. Федосеева, В.И. Трофимова, М.А. Петровой. СПб., «Нормедиздат». 2011, 344 с.
  10. Fajt M.L., Wenzel S.E. Asthma phenotypes and the use of biologic medications in asthma and allergic disease: the next steps toward personalized care. J. Allergy Clin. Immunol. 2015, v. 135, р. 299-310.
  11. Burgel P.R., Paillasseur J.L., Roche N. Identification of clinical phenotypes using cluster analyses in COPD patients with multiple comorbidities. Biomed. Res. Int. 2014, ID 420134.
  12. Lee Y.M. Chronic obstructive pulmonary disease: respiratory review of 2014. Tuberc. Respir. Dis. (Seoul). 2014, v. 77, р. 155-160.
  13. Park H.K., Shin J.W., Park S.G., Kim W Microbial Communities in the Upper Respiratory Tract of Patients with Asthma and Chronic Obstructive Pulmonary Disease. PLoS One. 2014, v. 9, ID 109-710.
  14. Куницина Ю.Л., Шмелев Е.И. Противовоспалительная терапия при ХОБЛ. Пульмонология. 2003, № 2, с. 111-116.
  15. Caporaso J.G., Kuczynski J., Stombaugh J. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nature Methods. 2010, doi: 10.1038/nmeth.f.303.
  16. DeSantis T.Z. Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB. Appl. Environ. Microbiol. 2006, v. 72, р. 5069-5072.
  17. Paulson J.N., Pop M., Bravo H.C. MetagenomeSeq: Statistical analysis for sparse high-throughput sequncing. Bioconductor package: 1.6.0.
  18. Marri P.R., Stern D.A., Wright A.L. et al. Asthma-associated differences in microbial composition of induced sputum. J. Allergy Clin. Immunol. 2013, v. 131, р. 346-352.
  19. Larsen J.M., Musavian H.S., Butt T.M. et al. Chronic obstructive pulmonary disease and asthma-associated Proteobacteria, but not commensal Prevotella spp., promote Toll-like receptor 2-independent lung inflammation and pathology. Immunology. 2015, v. 144, р. 333-342.
  20. Hosoki K., Nakamura A., Kainuma K. et al. Differential activation of eosinophils by bacteria associated with asthma. Int. Arch. Allergy Immunol. 2013, v. 161, р. 16-22.
  21. Hilty M., Burke C., Pedro H. et al. Disordered microbial communities in asthmatic airways. PLoS One. 2010, v. 5, e8578.
  22. Felsgaard N.V., Schjerring S., Chawes B.L. et al. Pathogenic bacteria colonizing the airways in asymptomatic neonates stimulates topical inflammatory mediator release. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2013, v. 15, р. 589-595.
  23. Kamar N., Chabbert V., Ribes D. et al. Neisseria-cinerea-induced pulmonary cavitation in a renal transplant patient. Nephrol. Dial Transplant. 2007, v. 22, р. 2099-2100.
  24. Akay H.K., Bahar Tokman H., Hatipoglu N. et al. The relationship between bifidobacteria and allergic asthma and/or allergic dermatitis: a prospective study of 0-3 years-old children in Turkey. Anaerobe. 2014, v. 28, р. 98-103.
  25. Deng X., Hui L., Yang N., Jiang X. Four bacterial studies on children with chronic otitis media with effusion. Lin Chung Er Bi Yan Hou Tou Jing Wai Ke Za Zhi. 2014, v. 28, р. 1457-1460.
  26. Sze M.A., Dimitriu P.A., Hayashi S. et al. The lung tissue microbiome in chronic obstructive pulmonary disease. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2012, v. 185, р. 1073-1080.
  27. Charlson E.S., Chen J., Custers-Allen R. et al. Disordered Microbial Communities in the Upper Respiratory Tract of Cigarette Smokers. PLoS One. 2010, v. 5, e15216.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2015 Pharmarus Print Media

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».