Разнонаправленное изменение уровня метилирования CpG-сайтов в 5' регионе гена TBX20 в восходящей аорте при атеросклерозе и аневризме

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Выявлено гипометилирование пяти CpG-сайтов в 5'-регионе гена TBX20 (локус 7p14.2) в тканях атеросклеротической бляшки аорты по сравнению с ее дилатированным участком у больных с аневризмой восходящей аорты. С привлечением внешних данных мы установили, что при диссекции аорты и атеросклерозе аорты уровень метилирования ДНК региона chr7:35253926-35262250 изменяется разнонаправленно. Полученные результаты свидетельствуют об изменении эпигенетической регуляции как при атеросклеротическом поражении аорты, так и при ее аневризме.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Ю. А. Королёва

Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Научно-исследовательский институт медицинской генетики

Россия, 634050, Томск

И. А. Гончарова

Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Научно-исследовательский институт медицинской генетики

Россия, 634050, Томск

А. А. Зарубин

Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Научно-исследовательский институт медицинской генетики

Россия, 634050, Томск

С. А. Шипулина

Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Научно-исследовательский институт медицинской генетики

Россия, 634050, Томск

А. А. Слепцов

Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Научно-исследовательский институт медицинской генетики

Россия, 634050, Томск

Д. С. Панфилов

Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Научно-исследовательский институт кардиологии

Россия, 634012, Томск

Б. Н. Козлов

Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Научно-исследовательский институт кардиологии

Россия, 634012, Томск

М. С. Назаренко

Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Научно-исследовательский институт медицинской генетики

Россия, 634050, Томск

Список литературы

  1. Portelli S.S., Robertson E.N., Malecki C. et al. Epigenetic influences on genetically triggered thoracic aortic aneurysm // Biophys. Rev. 2018. V. 10. № 5. P. 1241–1256. https://doi.org/10.1007/s12551-018-0460-1
  2. Liu P., Zhang J., Du D. et al. Altered DNA methylation pattern reveals epigenetic regulation of Hox genes in thoracic aortic dissection and serves as a biomarker in disease diagnosis // Clin. Epigenetics. 2021. V. 13. № 1. P. 124. https://doi.org/10.1186/s13148-021-01110-9
  3. Leone O., Corsini A., Pacini D. et al. The complex interplay among atherosclerosis, inflammation, and degeneration in ascending thoracic aortic aneurysms // J. Thorac. Cardiovasc. Surg. 2020. V. 160. № 62. P. 1434–1443. https://doi.org/10.1016/j.jtcvs.2019.08.108
  4. Isselbacher E.M., Preventza O., H. Black J. 3rd. et al. ACC/AHA guideline for the diagnosis and management of aortic disease: A report of the American Heart Association // Circulation. 2022. V. 146. № 24. P. e334– e482. https://doi.org/10.1161/CIR.0000000000001106
  5. Chau K.H., Bender J.R., Elefteriades J.A. Silver lining in the dark cloud of aneurysm disease // Cardiology. 2014. V. 128. № 4. P. 327–332. https://doi.org/10.1159/000358123
  6. Weininger G., Ostberg N., Shang M. et al. Lipid profiles help to explain protection from systemic atherosclerosis in patients with ascending aortic aneurysm // J. Thorac. Cardiovasc. Surg. 2022. V. 163. № 2. P. e129–e132. https://doi.org/10.1016/j.jtcvs.2021.09.031
  7. Nassar L.R., Barber G.P., Benet-Pagès A. et al. The UCSC Genome Browser database: 2023 update // Nucl. Ac. Res. 2023. V. 51. № D1. P. D1188–D1195. https://doi.org/10.1093/nar/gkac1072
  8. Barrett T., Wilhite S.E., Ledoux P. et al. NCBI GEO: archive for functional genomics data sets--update // Nucl. Ac. Res. 2013. V. 41. P. D991–D995. https://doi.org/10.1093/nar/gkac1072
  9. Chen Y., Xiao D., Zhang L. et al. The role of Tbx20 in cardiovascular development and function // Front. Cell Dev. Biol. 2021. V. 9. https://doi.org/10.3389/fcell.2021.638542
  10. Kirk E.P., Sunde M., Costa M.W. et al. Mutations in cardiac T-box factor gene TBX20 are associated with diverse cardiac pathologies, including defects of septation and valvulogenesis and cardiomyopathy // Am. J. Hum. Genet. 2007. V. 81. № 2. P. 280–291. https://doi.org/10.1086/519530
  11. Luyckx I., Kumar A.A., Reyniers E. et al. Copy number variation analysis in bicuspid aortic valve-related aortopathy identifies TBX20 as a contributing gene // Eur. J. Hum. Genet. 2019. V. 27. № 7. P. 1033–1043. https://doi.org/10.1038/s41431-019-0364-y
  12. Tcheandjieu C., Xiao K., Tejeda H. et al. High heritability of ascending aortic diameter and trans-ancestry prediction of thoracic aortic disease // Nat. Genet. 2022. V. 54. № 6. P. 772–782. https://doi.org/10.1038/s41588-022-01070-7
  13. Sollis E., Mosaku A., Abid A. et al. The NHGRI-EBI GWAS Catalog: Knowledgebase and deposition resource // Nucl. Ac. Res. 2023. V. 51. № D1. P. D977–D985. https://doi.org/10.1093/nar/gkac1010
  14. Li Y., Ren P., Dawson A. et al. Single-cell transcriptome analysis reveals dynamic cell populations and differential gene expression patterns in control and aneurysma l human aortic tissue // Circulation. 2020. V. 142. № 14. P. 1374–1388. https://doi.org/10.1161/CIRCULATIONAHA.120.046528
  15. Ma W.F., Hodonsky C.J., Turner A.W. et al. Enhanced single-cell RNA-seq work-flow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets // Atherosclerosis. 2022. V. 340. P. 12–22. https://doi.org/10.1016/j.atherosclerosis.2021.11.025
  16. Hodonsky C.J., Turner A.W., Khan M.D. et al. Integrative multi-ancestry genetic analysis of gene regulation in coronary arteries prioritizes disease risk loci // medRxiv. 2023. V. 2. https://doi.org/10.1101/2023.02.09.23285622
  17. Lacey M., Baribault C., Ehrlich K.C., Ehrlich M. Atherosclerosis-associated differentially methylated regions can reflect the disease phenotype and are often at enhancers // Atherosclerosis. 2019. V. 280. P. 183–191. https://doi.org/10.1016/j.atherosclerosis.2018.11.031
  18. Yang X., Kong Q., Li Z. et al. Association between the promoter methylation of the TBX20 gene and tetralogy of fallot // Scand. Cardiovascular J. 2018 V. 52. № 5. P. 287–291. https://doi.org/10.1080/14017431.2018.1499955
  19. Gong J., Sheng W., Ma D. et al. DNA methylation status of TBX20 in patients with tetralogy of Fallot // BMC Med. Genomics. 2019. V. 12. № 1. P. 75. https://doi.org/10.1186/s12920-019-0534-3

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Локализация и эпигенетический контекст исследуемой 5-области гена TBX20. Тонкими цветными вертикальными линиями отмечены пять ДМС между атеросклеротической бляшкой дилатированной части аорты, не пораженной атеросклерозом, дилатированной частью аорты и нерасширенной проксимальной частью аорты (данное исследование). Широкими вертикальными полосами обозначены: желтым – регионы, гипометилированные в тканях миокарда при тетраде Фалло [18, 19], голубым – регионы, гипометилированные в тканях аорты при атеросклерозе [17]. Различия по уровню метилирования между непораженными тканями аорты и атеросклеротически измененной аортой для трех регионов (слева направо) составили 41, 29 и 30%. Красные горизонтальные линии обозначают регионы гиперметилированных CpG-сайтов при диссекции аорты (GSE84274 [8]), синие горизонтальные линии – регионы гипометилированных CpG-сайтов при атеросклерозе аорты по сравнению с непораженной тканью аорты (GSE46394 [8]). Все треки получены и/или выровнены на UCSC GenomeBrowser (сборка генома GRCh38).

Скачать (353KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».