Methylation levels in the 5' region of the TBX20 gene in the ascending aorta change in opposite direction in atherosclerosis and aneurysm

封面

如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅存取

详细

We found hypomethylation of 5 CpG sites in the 5’region of TBX20 gene (7p14.2) in the tissues of atherosclerotic aortic plaque compared to dilated part of aorta in patients with ascending aortic aneurysm. Using GEO database, we found that the DNA methylation level in the chr7:35253926-35262250 region changes in opposite direction in aortic dissection and aortic atherosclerosis. The results suggest an alteration in epigenetic regulation both in aortic atherosclerosis andaortic aneurysm.

全文:

受限制的访问

作者简介

Yu. Koroleva

Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of Sciences

编辑信件的主要联系方式.
Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Research Institute of Medical Genetics

俄罗斯联邦, 634050, Tomsk

I. Goncharova

Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of Sciences

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Research Institute of Medical Genetics

俄罗斯联邦, 634050, Tomsk

A. Zarubin

Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of Sciences

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Research Institute of Medical Genetics

俄罗斯联邦, 634050, Tomsk

S. Shipulina

Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of Sciences

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Research Institute of Medical Genetics

俄罗斯联邦, 634050, Tomsk

A. Sleptsov

Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of Sciences

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Research Institute of Medical Genetics

俄罗斯联邦, 634050, Tomsk

D. Panfilov

Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of Sciences

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Research Institute of Cardiology

俄罗斯联邦, 634012, Tomsk

В. Kozlov

Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of Sciences

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Research Institute of Cardiology

俄罗斯联邦, 634012, Tomsk

M. Nazarenko

Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of Sciences

Email: yuliya.koroleva@medgenetics.ru

Research Institute of Medical Genetics

俄罗斯联邦, 634050, Tomsk

参考

  1. Portelli S.S., Robertson E.N., Malecki C. et al. Epigenetic influences on genetically triggered thoracic aortic aneurysm // Biophys. Rev. 2018. V. 10. № 5. P. 1241–1256. https://doi.org/10.1007/s12551-018-0460-1
  2. Liu P., Zhang J., Du D. et al. Altered DNA methylation pattern reveals epigenetic regulation of Hox genes in thoracic aortic dissection and serves as a biomarker in disease diagnosis // Clin. Epigenetics. 2021. V. 13. № 1. P. 124. https://doi.org/10.1186/s13148-021-01110-9
  3. Leone O., Corsini A., Pacini D. et al. The complex interplay among atherosclerosis, inflammation, and degeneration in ascending thoracic aortic aneurysms // J. Thorac. Cardiovasc. Surg. 2020. V. 160. № 62. P. 1434–1443. https://doi.org/10.1016/j.jtcvs.2019.08.108
  4. Isselbacher E.M., Preventza O., H. Black J. 3rd. et al. ACC/AHA guideline for the diagnosis and management of aortic disease: A report of the American Heart Association // Circulation. 2022. V. 146. № 24. P. e334– e482. https://doi.org/10.1161/CIR.0000000000001106
  5. Chau K.H., Bender J.R., Elefteriades J.A. Silver lining in the dark cloud of aneurysm disease // Cardiology. 2014. V. 128. № 4. P. 327–332. https://doi.org/10.1159/000358123
  6. Weininger G., Ostberg N., Shang M. et al. Lipid profiles help to explain protection from systemic atherosclerosis in patients with ascending aortic aneurysm // J. Thorac. Cardiovasc. Surg. 2022. V. 163. № 2. P. e129–e132. https://doi.org/10.1016/j.jtcvs.2021.09.031
  7. Nassar L.R., Barber G.P., Benet-Pagès A. et al. The UCSC Genome Browser database: 2023 update // Nucl. Ac. Res. 2023. V. 51. № D1. P. D1188–D1195. https://doi.org/10.1093/nar/gkac1072
  8. Barrett T., Wilhite S.E., Ledoux P. et al. NCBI GEO: archive for functional genomics data sets--update // Nucl. Ac. Res. 2013. V. 41. P. D991–D995. https://doi.org/10.1093/nar/gkac1072
  9. Chen Y., Xiao D., Zhang L. et al. The role of Tbx20 in cardiovascular development and function // Front. Cell Dev. Biol. 2021. V. 9. https://doi.org/10.3389/fcell.2021.638542
  10. Kirk E.P., Sunde M., Costa M.W. et al. Mutations in cardiac T-box factor gene TBX20 are associated with diverse cardiac pathologies, including defects of septation and valvulogenesis and cardiomyopathy // Am. J. Hum. Genet. 2007. V. 81. № 2. P. 280–291. https://doi.org/10.1086/519530
  11. Luyckx I., Kumar A.A., Reyniers E. et al. Copy number variation analysis in bicuspid aortic valve-related aortopathy identifies TBX20 as a contributing gene // Eur. J. Hum. Genet. 2019. V. 27. № 7. P. 1033–1043. https://doi.org/10.1038/s41431-019-0364-y
  12. Tcheandjieu C., Xiao K., Tejeda H. et al. High heritability of ascending aortic diameter and trans-ancestry prediction of thoracic aortic disease // Nat. Genet. 2022. V. 54. № 6. P. 772–782. https://doi.org/10.1038/s41588-022-01070-7
  13. Sollis E., Mosaku A., Abid A. et al. The NHGRI-EBI GWAS Catalog: Knowledgebase and deposition resource // Nucl. Ac. Res. 2023. V. 51. № D1. P. D977–D985. https://doi.org/10.1093/nar/gkac1010
  14. Li Y., Ren P., Dawson A. et al. Single-cell transcriptome analysis reveals dynamic cell populations and differential gene expression patterns in control and aneurysma l human aortic tissue // Circulation. 2020. V. 142. № 14. P. 1374–1388. https://doi.org/10.1161/CIRCULATIONAHA.120.046528
  15. Ma W.F., Hodonsky C.J., Turner A.W. et al. Enhanced single-cell RNA-seq work-flow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets // Atherosclerosis. 2022. V. 340. P. 12–22. https://doi.org/10.1016/j.atherosclerosis.2021.11.025
  16. Hodonsky C.J., Turner A.W., Khan M.D. et al. Integrative multi-ancestry genetic analysis of gene regulation in coronary arteries prioritizes disease risk loci // medRxiv. 2023. V. 2. https://doi.org/10.1101/2023.02.09.23285622
  17. Lacey M., Baribault C., Ehrlich K.C., Ehrlich M. Atherosclerosis-associated differentially methylated regions can reflect the disease phenotype and are often at enhancers // Atherosclerosis. 2019. V. 280. P. 183–191. https://doi.org/10.1016/j.atherosclerosis.2018.11.031
  18. Yang X., Kong Q., Li Z. et al. Association between the promoter methylation of the TBX20 gene and tetralogy of fallot // Scand. Cardiovascular J. 2018 V. 52. № 5. P. 287–291. https://doi.org/10.1080/14017431.2018.1499955
  19. Gong J., Sheng W., Ma D. et al. DNA methylation status of TBX20 in patients with tetralogy of Fallot // BMC Med. Genomics. 2019. V. 12. № 1. P. 75. https://doi.org/10.1186/s12920-019-0534-3

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载
2. Fig. 1. Localization and epigenetic context of the studied 5' region of the TBX20 gene. Thin colored vertical lines mark five DMCs between the atherosclerotic plaque of the dilated part of the aorta not affected by atherosclerosis, the dilated part of the aorta and the non-dilated proximal part of the aorta (this study). Wide vertical stripes indicate: yellow – regions hypomethylated in myocardial tissues with tetrad Fallot [18, 19], blue – regions hypomethylated in aortic tissues with atherosclerosis [17]. The differences in the level of methylation between the unaffected aortic tissues and the atherosclerotically altered aorta for the three regions (from left to right) were 41, 29 and 30%. Red horizontal lines indicate regions of hypermethylated CpG sites in aortic dissection (GSE84274 [8]), blue horizontal lines indicate regions of hypomethylated CpG sites in aortic atherosclerosis compared to unaffected aortic tissue (GSE46394 [8]). All tracks are received and/or aligned on UCSC GenomeBrowser (GRCh38 genome assembly).

下载 (353KB)
索引源数据

版权所有 © Russian Academy of Sciences, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».