Выявление с помощью рентгеноструктурного анализа роли остатка L254 в распознавании субстратов карбоксипептидазой Т из Thermoactinomyces vulgaris

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Получены кристаллические структуры комплексов мутантного белка L254N карбоксипептидазы Т со стабильными аналогами переходного состояния N-сульфамоил-L-глутаматом, N-сульфамоил-L-аргинином, N-сульфамоил-L-валином и N-сульфамоил-L-лейцином (разрешение 2.05, 1.89, 2.30, 1.79 Å). Обнаружена зависимость констант ассоциации этих ингибиторов, а также эффективности катализа соответствующих трипептидных субстратов ZAAX от расстояний между атомами лиганда О15, О16, О20, Т19 и активного центра мутантного белка N146, Y225 и E277. Эта зависимость значительно отличается от выявленной ранее зависимости для карбоксипептидазы Т дикого типа. Полученные результаты свидетельствуют об участии лейцина 254, входящего в состав подвижной петли металлокарбоксипептидаз, в дискриминации субстратов карбоксипептидазой Т по типу индуцированного соответствия.

Об авторах

В. Х. Акпаров

Отделение “Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова” Курчатовского комплекса кристаллографии и фотоники НИЦ “Курчатовский институт”

Email: valery.akparov@yandex.ru
Россия, Москва, 119333

В. И. Тимофеев

Отделение “Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова” Курчатовского комплекса кристаллографии и фотоники НИЦ “Курчатовский институт”

Email: valery.akparov@yandex.ru
Россия, Москва, 119333

Г. Е. Константинова

Отделение “Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова” Курчатовского комплекса кристаллографии и фотоники НИЦ “Курчатовский институт”

Email: valery.akparov@yandex.ru
Россия, Москва, 119333

И. П. Куранова

Отделение “Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова” Курчатовского комплекса кристаллографии и фотоники НИЦ “Курчатовский институт”

Автор, ответственный за переписку.
Email: valery.akparov@yandex.ru
Россия, Москва, 119333

Список литературы

  1. Song J.J., Hwang I., Cho K.H. et al. // J. Clin. Invest. 2011. V. 121. № 9. P. 3517. https://doi.org/10.1172/JCI46387
  2. Vendrell J., Querol E., Avilés F.X. // Biochim. Biophys. Acta. 2000. V. 1477. № 1–2. P. 248. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167483899002800
  3. Estell D., Graycar T., Miller J. et al. // Science. 1986. V. 233. P. 659. https://www.science.org/doi/10.1126/science.233.4764.659
  4. Wells J., Powers D., Bott R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1987. V. 84. № 5. P. 1219.
  5. Hedstrom L., Szilágyi L., Rutter W.J. // Science. 1992. V. 255. P. 1249. https://doi.org/10.1126/science.1546324
  6. Hedstrom L., Farr-Jones S., Kettner C. et al. // Biochemistry. 1994. V. 33. № 29. P. 8764. https://doi.org/10.1021/bi00195a018
  7. Gul S., Pinitglang S., Thomas E. et al. // Biochem. Soc. Trans. 1998. V. 26. № 2. P. 171. https://doi.org/10.1042/bst026s171
  8. Akparov V.Kh., Timofeev V.I., Konstantinova G.E. et al. // PLoS One. 2019. V. 14. № 12. P. 1. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0226636
  9. Stepanov V.M. // Methods Enzymol. 1995. V. 248. P. 675. https://doi.org/10.1016/0076-6879(95)48044-7
  10. Osterman A.L., Stepanov V.M., Rudenskaia G.N. et al. // Biokhimiia. 1984. V. 9. № 2. P. 292. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6424730
  11. Grishin A.M., Akparov V.K., Chestukhina G.G. // Biochem. Moscow. 2008. V. 73. № 10. P. 1140. https://doi.org/10.1134/s0006297908100118
  12. Akparov V.K., Grishin A.M., Yusupova M.P. et al. // Biochem. Moscow. 2007. V. 72. № 4. P. 416. https://doi.org/10.1134/s0006297907040086
  13. Ho S.N., Hunt H.D., Horton R.M. et al. // Gene. 1989. V. 77. № 1. P. 51. https://doi.org/10.1016/0378-1119(89)90358-2
  14. Cueni L.B., Bazzone T.J., Riordan J.F., Vallee B.L. // Anal. Biochem. 1980. V. 107. № 2. P. 341. https://doi.org/10.1016/0003-2697(80)90394-2
  15. Battye T., Kontogiannis L., Johnson O., Powell H. //Acta Cryst. D. 2011. V. 67. № 4. P. 271. https://doi.org/ 10.1107/S0907444910048675
  16. Rimsa V., Eadsforth T.C., Joosten R.P., Hunter W.N. // Acta Cryst. D. 2014. V. 70. № 2. P. 279. https://doi.org/10.1107/S1399004713026801
  17. Murshudov G.N., Vagin A.A., Dodson E.J. // Acta Cryst. D. 1997. V. 53. № 3. P. 240. https://doi.org/10.1107/S0907444996012255
  18. Emsley P., Cowtan K. // Acta Cryst. D. 2004. V. 60. № 12. P. 2126. https://doi.org/10.1107/S0907444904019158
  19. Pauling L. // Chem. Eng. News. 1946. V. 24. № 10. P. 1375. https://doi.org/10.1021/cen-v024n010.p1375
  20. Wolfenden R. // Mol. Cell. Biochem. 1974. V. 3. № 3. P. 207. https://doi.org/10.1007/BF01686645
  21. Akparov V., Timofeev V., Kuranova I., Khaliullin I. // Crystals. 2021. V. 11. № 9. P. 1088. https://doi.org/10.3390/cryst11091088

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».