Разработка и апробация тест-системы для выявления РНК-вируса, вызывающего тяжелый острый респираторный синдром


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель исследования. Разработка тест-системы на основе пояимеразной цепной реакции (ПЦР) для выявления РНК коронавируса, вызывающего тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС), определение ее аналитических и диагностических характеристик. Материалы и методы. В работе использовали 68 вирусных и бактериальных культур 240 образцов клинического материала от людей без симптомов ТОРС, а также 22 образца РНК, полученных от пациентов, поступавших в период эпидемии ТОРС в лечебные учреждения Пекина с диагнозом ТОРС.
Результаты. Специфичность тест-системы, определенная с использованием штаммов коронавирусов животных и гетерологичных штаммов вирусов и бактерий, вызывающих острые респираторные и кишечные инфекции, составила 100%. Чувствительность тест-системы во всех рекомендованных видах клинического материала составила 2,2- Iff геномных эквивалентов рекомбинантной РНК вируса ТОРС в 1 мл исследуемого материала, или 10 ТЦД5(/мл вируса ТОРС в вируссодержащей жидкости. Испытания тест-системы на базе Пекинского института микробиологии и эпидемиологии показали, что диагностическая чувствительность тест-системы "АмплиСенс SARS" на клиническом материале от пациентов с предполагаемым диагнозом ТОРС составила 95%. При этом эффективность выявления в образцах фекалий была выше, чем в образцах мокроты (90 и 40% соответственно).
Заключение. В ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ разработана тест-система "АмплиСенс SARS" для выявления РНК коронавируса, вызывающего ТОРС, методом обратной транскрипции и ПЦР в смывах из носо- и ротоглотки, мазках из носо- и ротоглотки, фекалиях и плазме крови. Тест-система включает реагенты для выделения РНК из клинического материала, получения кДНК на матрице РНК, проведения амплификации участка генома вируса ТОРС и электрофоретического анализа продуктов ПЦР и содержит рекомбинантные положительный и внутренний контрольные образцы, позволяющие контролировать эффективность проведения анализа. Испытания показали хорошие аналитические и диагностические характеристики тест-системы.

Об авторах

Г А Шипулин

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

С Б Яцышина

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

В П Чуланов

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

М Ю Маркелов

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

О Ю Шипулина

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

А Т Подколзин

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Т С Астахова

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

A Шишова

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

- Wuchun Cao

Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

Пекин; Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

- Liu Wei

Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

Пекин; Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

- Fan Baochang

Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

Пекин; Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

Список литературы

  1. Lee N., Hui D. S., Wu A. et al. A major outbreak of severe acute respiratory syndrome in Hong Kong. N. Engl. J. Med. 2003; 348: 1984-1994.
  2. Poutanen S. M., Low D. E., Henry B. et al. Identification of severe acute respiratory syndrome in Canada. N. Engl. J. Med. 2003; 348 (20): 1995-2005.
  3. Hsu L. Y., Lee С. С., Green J. A. et al. Severe acute respiratory syndrome in Singapore: clinical features of index patient and initial contacts. Emerg. Infect. Dis. 2003; 9 (6): 713-717.
  4. Murra M. A., Jones S. J. M., Astell С. R. et al. The genome sequence of the SARS-associated coronavirus. Science 2003; 300: 1399-1404.
  5. Uo L. K., Godeke G. J., Raamsman M. J. B. et al. Retargeting of coronavirus by substitution of the spike glycoprotein ectodomain: Crossing the host cell species barrier. J. Virol. 2000; 74 (3): 1393-1406.
  6. Virus taxonomy. Classification and nomenclature of viruses / van Regenmortel M. H. V. et al. New York: Academic Press; 2000.
  7. Rota P. A., Oberste M. S., Monroe S. S. et al. Characterization of a novel coronavirus associated with severe acute respiratory syndrome. Science 2003; 300: 1394-1399.
  8. Poland A. M., Vennema H., Foley J. E. et al. Two related strains of feline infectious peritonitis virus isolated from immunocompromised cats infected with a feline enteric coronavirus. J. Clin. Microbiol. 1996; 34 (2): 3180-3184.
  9. Peiris J. S. M., Chu С. М., Cheng V. С. С. Clinical progression and viral load in a community outbreak of coronavirus-associated SARS pneumonia: a prospective study. Lancet 2003; 36): 1767-1772.
  10. Worobey M., Holmes E. C. Evolutionary aspects of recombination in RNA viruses. J. Gen. Virol. 1999; 80: 2535-2543.
  11. Banner L. R., Lai M. M. Random nature of coronavirus RNA recombination in the absence of selection pressure. Virology 1991; 185 (1): 441-445.
  12. Boom R., Sol С. J. A., Salimans M. M. M. et al. Rapid and simple method for purification of nucleic acides. J. Clin. Microbiol. 1990; 28: 495-503.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ООО "Консилиум Медикум", 2004

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
 
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».