Development and evaluation of the kit for detection of SARS-associated coronavirus RNA


Cite item

Full Text

Abstract

Aim. To develop a diagnostic kit for detection of SARS (severe acute respiratory syndrome)-related coronavirus RNA based on reverse transcription and polymerase chain reaction and to estimate its specificity and sensitivity.
Material and methods. 68 virus and bacterial cultures, 240 clinical samples from people without SARS symptoms and also 22 RNA samples from patients with SARS symptoms received during the epidemic in Beijing were used.
Results. The specificity of the kit was determined using animal coronaviruses and other bacterial and viral strains, causing acute respiratory and intestinal infections, and was shown to be 100%. The sensitivity of the kit in different clinical samples was 2.2' Iff genome equivalents of recombinant SARS RNA in I ml of the specimen. The kit was evaluated in the Institute of Microbiology and Epidemiology of Beijing (China) using SARS-cov viral suspension and clinical samples from patients with suspected SARS. It was shown that the kit was able to detect 10 TCID/50 ml of SARS-Cov virus. Testing of clinical samples from patients with suspected SARS showed that diagnostic sensitivity of the kit was 95%. Detection of the SARS-Cov RNA was more effective in feces compared to sputum 990 and 40%, respectively).
Conclusion. The kit "AmpliSens SARS" for qualitative detection of SARS-related coronavirus RNA by reverse transcription and polymerase chain reaction (PCR) in nasopharyngeal wash/aspirates, naso/ oropharyngeal swabs, plasma, and extract from feces has been developed in the Central Research Institute for Epidemiology of the RF Ministry of Health. The kit contains reagents for RNA isolation and purification, cDNA synthesis by reverse transcription ofRNA, for PCR and for electrophoretic analysis of amplified products. The kit also contains recombinant positive and internal control samples allowing to control efficiency of analysis and showed good analytical and diagnostic characteristics.

About the authors

G A Shipulin

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

S В Yatsyshina

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

V P Chulanov

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

M Yu Markelov

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

O Yu Shipulina

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

А Т Podkolzin

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

T S Astakhova

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

A Shishova

ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

Москва; ГУ ЦНИИ эпидемиологии Минздрава РФ; Научно-производственная лаборатория Федерального научно-методического центра СПИД

- Wuchun Cao

Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

Пекин; Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

- Liu Wei

Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

Пекин; Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

- Fan Baochang

Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

Пекин; Институт микробиологии и эпидемиологии Военно-медицинской академии Министерства обороны Китая

References

  1. Lee N., Hui D. S., Wu A. et al. A major outbreak of severe acute respiratory syndrome in Hong Kong. N. Engl. J. Med. 2003; 348: 1984-1994.
  2. Poutanen S. M., Low D. E., Henry B. et al. Identification of severe acute respiratory syndrome in Canada. N. Engl. J. Med. 2003; 348 (20): 1995-2005.
  3. Hsu L. Y., Lee С. С., Green J. A. et al. Severe acute respiratory syndrome in Singapore: clinical features of index patient and initial contacts. Emerg. Infect. Dis. 2003; 9 (6): 713-717.
  4. Murra M. A., Jones S. J. M., Astell С. R. et al. The genome sequence of the SARS-associated coronavirus. Science 2003; 300: 1399-1404.
  5. Uo L. K., Godeke G. J., Raamsman M. J. B. et al. Retargeting of coronavirus by substitution of the spike glycoprotein ectodomain: Crossing the host cell species barrier. J. Virol. 2000; 74 (3): 1393-1406.
  6. Virus taxonomy. Classification and nomenclature of viruses / van Regenmortel M. H. V. et al. New York: Academic Press; 2000.
  7. Rota P. A., Oberste M. S., Monroe S. S. et al. Characterization of a novel coronavirus associated with severe acute respiratory syndrome. Science 2003; 300: 1394-1399.
  8. Poland A. M., Vennema H., Foley J. E. et al. Two related strains of feline infectious peritonitis virus isolated from immunocompromised cats infected with a feline enteric coronavirus. J. Clin. Microbiol. 1996; 34 (2): 3180-3184.
  9. Peiris J. S. M., Chu С. М., Cheng V. С. С. Clinical progression and viral load in a community outbreak of coronavirus-associated SARS pneumonia: a prospective study. Lancet 2003; 36): 1767-1772.
  10. Worobey M., Holmes E. C. Evolutionary aspects of recombination in RNA viruses. J. Gen. Virol. 1999; 80: 2535-2543.
  11. Banner L. R., Lai M. M. Random nature of coronavirus RNA recombination in the absence of selection pressure. Virology 1991; 185 (1): 441-445.
  12. Boom R., Sol С. J. A., Salimans M. M. M. et al. Rapid and simple method for purification of nucleic acides. J. Clin. Microbiol. 1990; 28: 495-503.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2004 Consilium Medicum

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
 
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».