Открытый доступ Открытый доступ  Доступ закрыт Доступ предоставлен  Доступ закрыт Только для подписчиков

Том 65, № 3 (2023)

Обложка

Весь выпуск

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Статьи

Новое в геномике центромер: уроки первой Т2Т-сборки хромосом человека

Уральский Л.И., Александров И.А., Рябов Ф.Д., Лапидус А.Л., Рогаев Е.И.

Аннотация

Технологии секвенирования с длинными прочтениями, появившиеся недавно, позволили впервые прочесть полную, без пробелов, последовательность генома человека. Результатом явилась первая Т2Т (от теломеры до теломеры) геномная сборка, опубликованная одноименным международным консорциумом ученых в 2022 г. Наиболее значительным вкладом новой сборки явились центромерные области, состоящие из высокоповторяющейся сателлитной ДНК. В этом обзоре мы кратко перечислим основные достижения Т2Т-консорциума, связанные с центромерами, и более подробно рассмотрим неожиданные находки цитогенетического масштаба, которые принес анализ впервые собранных центромер человека, такие как “расщепленные” центромеры хромосом 3 и 4, мега-инверсия в активном массиве центромеры 1-ой хромосомы, гаплотипические эпиаллели в центромере Х-хромосомы и макроповторы, найденные в нескольких центромерах.

Цитология. 2023;65(3):217-231
pages 217-231 views

Убиквитин-протеасомная система в регуляции клеточной плюрипотентности и дифференцировки

Поденкова У.И., Зубарев И.В., Томилин А.Н., Цимоха А.С.

Аннотация

Эмбриональные стволовые клетки (ЭСК) и индуцированные плюрипотентные стволовые клетки (иПСК) демонстрируют уникальную способность к непрерывному самообновлению и дифференцировке во все типы соматических клеток. Понимание механизмов, контролирующих эти свойства, приблизит к эффективному и безопасному использованию ЭСК и иПСК в клеточной терапии. Недавние совокупные данные подчеркнули важность протеостаза в поддержании функции ЭСК. Настоящий обзор посвящен роли убиквитин-протеасомной системы (УПС) – ключевого участника сети протеостаза – в регуляции плюрипотентности и дифференцировки ЭСК и иПСК.

Цитология. 2023;65(3):232-245
pages 232-245 views

Роль интегрированного ответа опухолевых клеток на стресс, аутофагии и шаперонов в возникновении рецидивов резистентных опухолей

Зубова С.Г., Гнедина О.О.

Аннотация

Химио- и радиотерапия представляют собой для опухолевых клеток колоссальный стрессорный фактор. В ответ на терапию активируется вся эволюционно закрепленная реакция клеток на стресс. Это происходит на всех уровнях организации клетки, а именно на белковом уровне и уровне ДНК. В этот ответ включаются система протеостаза клетки, системы репарации ДНК, гены-онкосупрессоры и многие другие системы клетки. Мы рассмотрим роль в этих процессах основных систем протеостаза, а именно макроаутофагии и шаперонов, которые являются частью интегрированного ответа клетки на стресс. В результате ответа клетки на стресс, опухолевая клетка становится еще менее дифференцированной, активируя необходимые для выживания гены и внутриклеточные системы. Клетки, которые ответили на стресс таким образом, имеют более агрессивный фенотип, который оказывается значительно устойчивее к терапии. Под воздействием стресса клетка эволюционно упрощается, что дает ей дополнительные шансы для выживания. Аутофагия, с одной стороны, способствует снижению дифференцировки опухолевой клетки, ее пластичности, а с другой – поддерживает определенную стабильность, отвечая за целостность генома и освобождая клетку от поврежденных органелл и дефектных белков. И аутофагия, и шапероны способствуют приобретению опухолью множественной лекарственной устойчивости, что еще более затрудняет терапию. Понимание этих процессов с учетом многостадийности канцерогенеза делает возможной разработку новых терапевтических подходов.

Цитология. 2023;65(3):246-258
pages 246-258 views

ХАРАКТЕРИСТИКА КЛЕТОК МИКРОГЛИИ ЛИНИИ SIM-A9 – НОВЫЕ ДАННЫЕ

Шапошникова Д.А., Москалева Е.Ю., Сёмочкина Ю.П., Высоцкая О.В., Комова О.В., Насонова Е.А., Кошлань И.В.

Аннотация

SIM-A9 – линия спонтанно иммортализованных клеток микроглии мыши, полученных из головного мозга новорожденных мышат линии С57BL/6. Цель настоящей работы – характеристика микроглии мыши линии SIM-A9 по соотношению клеток с фенотипом покоящейся и активированной микроглии в культуре, анализ экспрессии маркеров стволовых (прогениторных) клеток CD133 и нестина, рецепторов факторов роста CSF-1R и EGFR, а также анализ кариотипа этой линии. Использованы методы световой микроскопии, иммуноцитохимии в сочетании с проточной цитометрией и ОТ-ПЦР для анализа морфологии, фенотипа и уровня экспрессии генов провоспалительных цитокинов и метод mFISH для анализа кариотипа. Впервые показано, что клетки линии SIM-А9 экспрессируют высокий уровень белка TSPO, маркеров CD68, CD11b и CD45high на поверхностной мембране клеток, что соответствует фенотипу активированной микроглии. Несмотря на это, клетки линии отвечают дополнительной активацией в ответ на стимуляцию ЛПС, которая приводит к повышению экспрессии генов провоспалительных цитокинов IL-1β, TNFα, IL-6 и образованию высокого уровня активных метаболитов кислорода и азота. Показано, что клетки линии SIM-A9 экспрессируют маркеры стволовых и прогениторных клеток CD133+ и нестин, что позволяет рассматривать их как ранние низко дифференцированные прогениторные клетки, несмотря на их фенотип, соответствующий активированной микроглии. Обнаружено также, что клетки линии SIM-A9 экспрессируют рецепторы двух факторов роста CSF-1 и EGF – CSF-1R и EGFR, что свидетельствует о возможности стимуляции пролиферации клеток SIM-A9 по двум альтернативным механизмам под действием соответствующих факторов. У клеток SIM-A9 установлен гипотетраплоидный кариотип с большим числом структурных и количественных аномалий хромосом.

Цитология. 2023;65(3):259-272
pages 259-272 views

Влияние стимуляции и подавления биосинтеза NAD+ на поддержание плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток мыши

Антипова М.В., Куликова В.А., Соловьева Л.В., Кропотов А.В., Светлова М.П., Якимов А.П., Нериновский К.Б., Бахмет Е.И., Никифоров А.А.

Аннотация

Никотинамидадениндинуклеотид (NAD+) играет ключевую роль в клеточном метаболизме и сигналинге. В последние годы появилось множество свидетельств того, что NAD+-зависимые процессы принимают участие в регуляции плюрипотентности и дифференцировки эмбриональных стволовых клеток млекопитающих. Основным способом поддержания уровня NAD+ в клетках млекопитающих является его биосинтез из различных форм витамина В3. В настоящей работе мы выяснили, как стимуляция и подавление биосинтеза NAD+ влияют на поддержание плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток мыши линии Е14 Tg2a (клетки Е14). Статус плюрипотентности клеток Е14 оценивали при помощи иммуноцитохимического анализа и иммуноблоттинга с использованием антител к фактору плюрипотентности Oct4, а также окраски на щелочную фосфатазу. С помощью метода ЯМР-спектроскопии мы установили, что концентрация NAD+ в плюрипотентных клетках Е14, культивируемых в присутствии фактора ЛИФ, составляет около 4 нмоль/мг и остается неизменной после индукции дифференцировки ретиноевой кислотой. Также мы показали, что фармакологическая стимуляция биосинтеза NAD+ никотинамидрибозидом повышает уровень внутриклеточного NAD+ на 20%, и это не влияет на поддержание плюрипотентности клеток Е14. Более того, в условиях критического истощения внутриклеточного пула NAD+ при подавлении его синтеза из никотинамида ингибитором Nampt (FK866) клетки Е14 сохраняли плюрипотентность, в то время как уровень белка Oct4 был понижен.

Цитология. 2023;65(3):273-282
pages 273-282 views

Наночастицы диоксида титана подавляют энтоз в культуре аденокарциномы молочной железы человека MCF-7

Кисурина-Евгеньева О.П., Савицкая М.А., Смешнова Д.С., Онищенко Г.Е.

Аннотация

Наночастицы TiO2 широко применяются в промышленности, фармакологии, медицине. В последнее время предлагается использовать наночастицы TiO2 для адресной доставки химиотерапевтических препаратов, что может привести к увеличению локальной концентрации TiO2 и оказать влияние на протекающие в опухоли процессы, в т.ч. на энтоз (внедрение одной опухолевой клетки в другую). В настоящей работе проведено исследование влияния наночастиц TiO2 (частиц минерала анатаз размером менее 25 нм и частиц, состоящих из смеси анатаза и рутила, размером менее 75 нм в концентрации 1, 10 или 100 мкг/мл в течение 72 ч) на процесс энтоза в культуре клеток аденокарциномы молочной железы человека MCF-7. Культивирование клеток в присутствии разных типов наночастиц TiO2 замедляет пролиферацию и вызывает уменьшение числа энтозов. Элементный анализ с помощью аналитической электронной микроскопии выявил присутствие TiO2 в эндосомном компартменте, в цитозоле и во внеклеточном пространстве. Методом иммунохимического окрашивания показано, что оба типа наночастиц TiO2 в концентрации 10 мкг/мл нарушают образование адгезивных контактов, в т.ч. и на ранних стадиях энтоза. Воздействие частиц анатаза индуцирует транслокацию белка р53 в ядра клеток. В целом, использованные в работе наночастицы TiO2 ингибируют энтоз в клетках культуры MCF-7, нарушая адгезивные контакты и препятствуя процессу внедрения. Однако можно предположить, что нарушение адгезивных контактов способно усиливать подвижность опухолевых клеток и метастазирование.

Цитология. 2023;65(3):283-294
pages 283-294 views

Применение технологии CRISPR/Cas9 в зиготах мышей для получения дупликаций, делеций и инверсий влияет на стабильность кариотипа

Минина Ю.М., Сорока А.Б., Карамышева Т.В., Сердюкова Н.А., Серов О.Л.

Аннотация

В современной молекулярной и клеточной биологии CRISPR/Cas9 технология получила широкое применение для адресной модификации геномов человека и животных. В настоящей работе с помощью методов молекулярной цитогенетики был проведен анализ кариотипа в 18 линиях фибробластов мыши (ФМ), в геноме которых ген Cntn6 был редактирован с помощью CRISPR/Cas9. Модификации гена Cntn6 представляли собой дупликации размером 2374 т.п.о., делеции 1137 т.п.о. и инверсии сходного размера. Кроме того, был проведен цитогенетический анализ для контрольных 5 линий эмбриональных фибробластов мыши (ЭФМ), несущих интактный аллель гена Cntn6. Проведенное исследование показало наличие высокого уровня полиплоидии для гетерозиготных по инверсии гена Cntn6 и гомозиготных и гетерозиготных по дупликации гена Cntn6 линий ФМ (20–46%), а также наличие моносомии (1–9%) и трисомии по хромосоме 6 (1–8%). Важно отметить, что в 4 линиях ЭФМ, несущих делецию и дупликацию гена Cntn6 в компаунде, трисомии обнаружено не было, а доля полиплоидных клеток была минимальна (1.5–5.7%). Таким образом, полученные данные указывают на дестабилизацию кариотипа клеточных линий, претерпевших редактирование генома с помощью CRISPR/Cas9.

Цитология. 2023;65(3):295-302
pages 295-302 views

Визуализация одиночных клеток Escherichia coli в состоянии SOS-ответа при помощи экспансионной микроскопии

Румянцева Н.А., Голофеева Д.М., Вишняков И.Е., Ведяйкин А.Д.

Аннотация

Экспансионная микроскопия (Expansion microscopy, ExM) – метод пробоподготовки, позволяющий добиться улучшенной визуализации структур за счет физического расширения образца. Этот метод используется в сочетании с традиционной световой микроскопией и позволяет без применения сложных технических устройств, характерных для методов сверхразрешающей микроскопии (super-resolution microscopy), добиться визуализации биологических структур с более высоким разрешением. В отличие от методов сверхразрешающей микроскопии, экспансионная микроскопия не позволяет преодолеть дифракционный предел, однако наблюдаемый эффект можно считать эквивалентным увеличению пространственного разрешения. Относительная простота метода и нетребовательность к используемому микроскопу сделали экспансионную микроскопию довольно популярным методом для визуализации различных биологических структур. В настоящей работе описано использование экспансионной микроскопии для визуализации в клетках Escherichia coli, находящихся в состоянии SOS-ответа, ДНК и структур, формируемых белком FtsZ. Результаты работы подтверждают полученные ранее данные о том, что белок FtsZ в клетках, находящихся в состоянии SOS-ответа, распределен неравномерно. Использованный в работе протокол визуализации клеток E. coli, предварительно закрепленных на поверхности стекла, с помощью метода экспансионной микроскопии может быть использован в будущем для изучения внутренних структур других клеток – как бактериальных, так и эукариотических.

Цитология. 2023;65(3):303-310
pages 303-310 views

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».