Biochip with Cells of Brush Polymers Carrying Carboxyl Groups for DNA Analysis

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

A method for manufacturing biochips by photolithography with hydrogel cells made of brush copolymers based on acrylic acid and acrylamide, fixed at one end on the surface of a polymer substrate has been developed. Hydrogel cells with reactive carboxyl groups were used for covalent immobilization of oligonucleotide probes. The effectiveness of the method was demonstrated in the hybridization analysis of DNA by targets of different lengths of the sequence site 7 of the exon of the human ABO gene.

About the authors

R. A. Miftakhov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: chud@eimb.ru
Russia, 119991, Moscow, ul. Vavilova 32

T. V. Nasedkina

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: chud@eimb.ru
Russia, 119991, Moscow, ul. Vavilova 32

A. S. Zasedatelev

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: chud@eimb.ru
Russia, 119991, Moscow, ul. Vavilova 32

V. E. Shershov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: chud@eimb.ru
Russia, 119991, Moscow, ul. Vavilova 32

V. E. Kuznetsova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: chud@eimb.ru
Russia, 119991, Moscow, ul. Vavilova 32

A. I. Levashova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: chud@eimb.ru
Russia, 119991, Moscow, ul. Vavilova 32

S. A. Lapa

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: chud@eimb.ru
Russia, 119991, Moscow, ul. Vavilova 32

V. A. Vasiliskov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: chud@eimb.ru
Russia, 119991, Moscow, ul. Vavilova 32

A. Yu. Ikonnikova

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: chud@eimb.ru
Russia, 119991, Moscow, ul. Vavilova 32

A. V. Chudinov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: chud@eimb.ru
Russia, 119991, Moscow, ul. Vavilova 32

References

  1. Rubina A.Y., Pan’kov S.V., Dementieva E.I., Pen’kov D.N., Butygin A.V., Vasiliskov V.A., Chudinov A.V., Mikheikin A.L., Mikhailovich V.M., Mirzabekov A.D. // Anal. Biochem. 2004. V. 325. P. 92–106. https://doi.org/10.1016/j.ab.2003.10.010
  2. Gryadunov D., Dementieva E., Mikhailovich V., Nasedkina T., Rubina A., Savvateeva E., Fesenko E., Chudinov A., Zimenkov D., Kolchinsky A., Zasedatelev A. // Exp. Rev. Mol. Diagn. 2011. V. 11. P. 839–853. https://doi.org/10.1586/ERM.11.73
  3. Naidu C.K., Suneetha Y. // Trop. J. Pharm. Res. 2012. V. 11. P. 153–164. https://doi.org/10.4314/tjpr.v11i1.20
  4. Beaudet A.L., Belmont J.W. // Annu. Rev. Med. 2008. V. 59. P. 113–129. https://doi.org/10.1146/annurev.med.59.012907.101800
  5. Brittain W.J., Brandstetter T., Prucker O., Rühe J. // ACS Appl. Mat. Int. 2019. V. 11. P. 39397–39409. https://doi.org/10.1021/acsami.9b06838
  6. Золотов А.М., Мифтахов Р.А., Иконникова А.Ю., Лапа С.А., Кузнецова В.Е., Василисков В.А., Шершов В.Е., Заседателев А.С., Наседкина Т.В., Чудинов А.В. // Биоорг. химия. 2022. Т. 48. С. 599–605. [Zolotov A.M., Miftakhov R.A., Ikonnikova A.Y., Lapa S.A., Kuznetsova V.E., Vasiliskov V.A., Shershov V.E., Zasedatelev A.S., Nasedkina T.V., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2022. V. 48. Р. 858–863.] https://doi.org/10.1134/S1068162022040203
  7. Shchepinov M.S., Case-Green S.C., Southern E.M. // Nucleic Acids Res. 1997. V. 25. P. 1155–1161. https://doi.org/10.1093/nar/25.6.1155
  8. Halperin A., Buhot A., Zhulina E.B. // Langmuir. 2006. V. 22. P. 11290–11304. https://doi.org/10.1021/la0616606
  9. Zubtsov D.A., Savvateeva E.N., Rubina A.Yu., Pan’kov S.V., Konovalova E.V., Moiseeva O.V., Chechetkin V.R., Zasedatelev A.S. // Anal. Biochem. 2007. V. 368. P. 205–213. https://doi.org/10.1016/j.ab.2007.04.040
  10. Rohr T., Ogletree D.F., Svec F., Fréchet L.M.J. // Adv. Funct. Mat. 2003. V. 13. P. 264–270. https://doi.org/10.1002/adfm.200304229
  11. Ma H., Davis R.H., Bowman C.N. // Macromolecules. 2000. V. 33. P. 331–335. https://doi.org/10.1021/ma990821s
  12. Barbey R., Lavanant L., Paripovic D., Schüwer N., Sugnaux C., Tugulu S., Klok H.-A. // Chem. Rev. 2009. V. 109. P. 5437–5527. https://doi.org/10.1021/cr900045a
  13. Miftakhov R.A., Lapa S.A., Shershov V.E., Zasedateleva O.A., Guseinov T.O., Spitsyn M.A., Kuznetsova V.E., Mamaev D.D., Lysov Yu.P., Barsky V.E., Timofeev E.N., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Biophysics. 2018. V. 63. P. 512–518. https://doi.org/10.1134/S0006350918040127
  14. Jena R.K., Yue C.Y. // Biomicrofluidics. 2012. V. 6. P. 012 822. https://doi.org/10.1063/1.3682098
  15. Barsky V., Perov A., Tokalov S., Chudinov A., Kreindlin E., Sharonov A., Kotova E., Mirzabekov A. // J. Biomol. Screen. 2002. V. 7. P. 247–257. https://doi.org/10.1177/108705710200700308
  16. Lysov Y., Barsky V., Urasov D., Urasov R., Cherepanov A., Mamaev D., Yegorov Y., Chudinov A., Surzhikov S., Rubina A., Smoldovskaya O., Zasedatelev A. // Biomed. Optics Express. 2017. V. 8. P. 4798–4810. https://doi.org/10.1364/BOE.8.004798

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
2.

Download (150KB)
3.

Download (457KB)
4.

Download (1MB)

Copyright (c) 2023 Р.А. Мифтахов, А.Ю. Иконникова, В.А. Василисков, С.А. Лапа, А.И. Левашова, В.Е. Кузнецова, В.Е. Шершов, А.С. Заседателев, Т.В. Наседкина, А.В. Чудинов

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».