Organization of the Reserve Pool of Synaptic Vesicles in Nerve Terminals Lacking Protein Liquid Phase Components

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Protein endophilin A regulates the synaptic vesicle cycle during exo- and endocytosis, and it is present in the reserve pool of synaptic vesicles (SVs), where its function is unknown. In vitro experiments suggest that endophilin via its SH3 domain interactions incorporates several components into the protein liquid phase that organizes SVs in the reserve pool. We investigated the effect of deletion of the genes encoding endophilin and one of its binding partners, dynamin, on the organization of SVs in living synapses formed by cortical neurons in culture. Experiments showed that deletion of endophilin genes does not change the density of SVs in the reserve pool. At the same time, deletion of the major dynamins 1 and 3 leads to a significant increase in the vesicle density. These results suggest that other SH3-domain-containing proteins, which are components of the protein liquid phase, complement the function of endophilin in the SV reserve pool.

Full Text

ВВЕДЕНИЕ

Резервный пул синаптических везикул (СВ) – специализированный немембранный компартмент химического синапса, находящийся на расстоянии около 100 нм над активной зоной и содержащий везикулы, заполненные нейромедиатором, которые используются для синаптической передачи при повышенной активности синапса [1, 2]. Истощение запаса СВ в резервном пуле (РП) приводит к невозможности длительного поддержания синаптической передачи и к синаптической депрессии. Основным структурным компонентом РП является белок синапсин, способный при определенных условиях переходить из растворимого состояния в состояние жидкой фазы, образуя белковый конденсат, включающий в себя СВ [3–5]. В состоянии покоя в РП также локализуется ряд эндоцитозных белков [6], в частности N-BAR белок эндофилин А [6–8].

Исследования, проведенные с изолированными белками, показали, что эндофилин способен образовать жидкую фазу вместе в синапсином. Его присутствие позволяет войти в состав жидкой фазы целому ряду других белков, находящихся в РП in vivo, таких как интерсектин, динамин и амфифизин [9]. Это свойство делает эндофилин кандидатом на роль главного регулятора состава жидкой фазы и структуры РП. Выполняет ли эндофилин эту функцию в живом синапсе, остается неизвестным.

В данной работе мы исследовали эффект удаления генов эндофилина на организацию РП в синапсах, образованных кортикальными нейронами в культуре, в состоянии покоя.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Культуры клеток и электронная микроскопия. Кортикальные нейроны с тройным нокаутом по генам эндофилина А1–3 (EndoTKO; n = 3), с двойным нокаутом по генам динамина 1,3 (Dyn1,3DKO; n = 3) и контрольных животных (n = 3) культивировали согласно описанному ранее протоколу [7, 10, 11]. Мыши EndoTKO и Dyn1,3DKO получены скрещиванием животных с нокаутом отдельных генов, как описано ранее [10, 11]. Препараты культур нейронов были приготовлены в лаборатории P. De Camilli (Yale University School of Medicine, USA) и любезно предоставлены проф. P. De Camilli. Первичные культуры клеток получали из животных на стадии развития P0 в одинаковых условиях. Нейроны фиксировали через 2 недели in vitro в 1.3% глутаровом альдегиде, приготовленном на 66 мМ натрий-какодилатном буфере, постфиксировали в 1% OsO4, 1.5% K4Fe(CN)6 в 0.1M натрий-какодилатном буфере, окрашивали в 0.5% уранилацетате, дегидратировали в спиртах, заключали в смолу Embed 812 (EMS). Серии из 5–10 ультратонких 70-нм срезов изготавливали на ультратоме Leica UC и помещали на покрытые формваром бленды. Срезы контрастировали в 1% водном растворе уранилацетата и цитрата свинца, исследовали с помощью трансмиссионного электронного микроскопа Jeol-1400 с камерой Olympus-SIS Veleta (2048×2048), фотографировали на увеличениях ×30000 и ×50000.

Анализ изображений и статистика. Синапсы отбирали случайным образом на серийных срезах. Для сравнения гомогенных популяций в различных культурах исследования проводили на асимметричных синапсах. Для анализа электронных микрофотографий и измерения параметров РП использовали ПО Image J. Значения площади РП на идентифицированном центральном срезе синапса нормализовали к длине активной зоны. На некоторых срезах было сложно провести измерение всех интересующих структур, например, из-за наклонной ориентации плоскости среза. С этим связаны различия в количестве измерений отдельных параметров в графиках. Статистическую обработку данных проводили с помощью ПО Prism 9 (GraphPad).

РЕЗУЛЬТАТЫ

При тройном нокауте по генам эндофилина А1–3 (EndoTKO) фенотипическим признаком межнейронных синапсов на ультраструктурном уровне является наличие клатриновых везикул в непосредственной близости от активной зоны [10]. Это связано с тем, что основной функцией эндофилина при эндоцитозе является привлечение (рекрутинг) к мембране везикул фосфоинозитидфосфатазы синаптоянина, которая запускает процесс снятия клатринового окаймления [10, 12]. Действительно, в синапсах EndoTKO вокруг кластера СВ мы обнаружили клатрин-окаймленные везикулы (КВ) (рис. 1в). Преимущественно КВ находились на расстоянии до 200 нм от границы кластера. Количество КВ в этой зоне составило в среднем 24.82 против 2.92 КВ/мкм2 в контроле (p < 0.0001, t-тест; рис. 1и). В ряде случаев КВ наблюдали в аксоплазме на расстоянии более 1 мкм от границы кластера (максимум – 1.44 мкм), далеко за пределами зоны эндоцитоза.

Синапсы EndoTKO имели выраженные кластеры СВ, включающие везикулы РП (рис. 1в). Площадь РП в синапсах EndoTKO была в среднем в 1.6 раза меньше, чем в контроле (p = 0.0108, t-тест; рис. 1з), что объясняется замедлением эндоцитоза в синапсах. Неполное блокирование клатрин-зависимого эндоцитоза, вероятно, является следствием частичного дублирования функций эндофилина другими белками, такими как интерсектин и амфифизин, которые имеют свойство взаимодействовать с партнерами эндофилина [13]. Чтобы выяснить, повлияло ли отсутствие эндофилина на структуру РП, мы измерили плотность расположения СВ в кластерах синапсов EndoTKO и в контроле. Статистически значимых различий между этими группами выявлено не было (t-тест; рис. 1ж).

Для сравнения мы исследовали плотность расположения СВ в синапсах с двойным нокаутом по генам динамина (Dyn1,3DKO). Как и синаптоянин, динамины 1,3 взаимодействуют с эндофилином в процессе эндоцитоза [8] и необходимы для поддержания эндоцитоза в центральных синапсах [11]. Фенотип Dyn1,3DKO характеризуется многочисленными инвагинациями пресинаптической мембраны, образующими клатрин-окаймленные ямки [11, 14], что также наблюдалось в наших экспериментах. Размеры РП были значительно уменьшены (рис. 1д, 1з). Кластеры СВ были обнаружены только в отдельных синапсах, а в большинстве отсутствовали, что объясняется полной блокадой клатрин-зависимого эндоцитоза в отсутствие динамина и неспособностью клатрин-независимых механизмов эффективно формировать СВ [11]. Плотность везикул в РП оказалась существенно выше в синапсах Dyn1,3DKO по сравнению с EndoTKO (p < 0.0001) (рис. 1г, 1е, 1ж). Различий в средней длине активной зоны в исследованных синапсах обнаружено не было (рис. 1к).

 

Рис. 1. Эффекты удаления генов эндофилина и динамина на организацию резервного пула СВ в асимметричных синапсах в культуре кортикальных нейронов.

а, в, д – Электронные микрофотографии асимметричных синапсов в контрольной культуре нейронов (а), в культуре нейронов с тройным нокаутом по генам эндофилина (в) и с двойным нокаутом по генам динамина 1 и 3 (д) в покое. Зоны, содержащие клатриновые везикулы (в) и клатрин-окаймленные ямки (д), выделены белой рамкой и показаны на вставках при большем увеличении. На микрофотографиях б, г, е участки РП, изображенных на а, в, д, показаны при большем увеличении. Масштаб для а, в, д: 500 нм; для вставок на в, д: 100 нм; для б, г, е: 100 нм. Обозначения: а – аксон, д – дендрит, СВ – синаптические везикулы, РП – резервный пул СВ, мх – митохондрия, КВ – клатрин-окаймленные везикулы, КЯ – клатрин-окаймленные ямки, черная стрелка – активная зона. ж, з –Плотность (ж) и площадь (з) резервных пулов в контрольных, EndoTKO и Dyn1,3DKO синапсах; площадь РП нормализована к длине активной зоны. и – Плотность КВ в зоне 200 нм от границы РП в контрольных и EndoTKO синапсах. к – Средняя длина активных зон в исследованных группах. Данные представлены как среднее ± SEM. Цифры над столбцами указывают число исследованных синапсов.

 

ОБСУЖДЕНИЕ

Исследования последних лет показали, что ключевую роль в организации жидкой фазы везикул РП играет белок синапсин [4, 5]. Наличие дополнительных белков в составе РП позволяет менять свойства жидкой фазы, вследствие чего может изменяться динамика и организация РП при синаптической активности [3]. Так, в исследованиях in vitro было показано, что жидкая фаза СВ и синапсина способна рекрутировать α-синуклеин, что снижает плотность СВ в кластере [15]. В гиппокампальных синапсах с тройным нокаутом генов α, β, γ-синуклеинов везикулы РП кластеризуются плотнее, чем в синапсах дикого типа [16]. В отношении эндоцитозных белков, находящихся в РП в состоянии покоя и имеющих SH3-домены, способные взаимодействовать с синапсином, также высказывались предположения, что они регулируют восстановление структуры РП при рекластеризации СВ после синаптической активности и необходимы для поддержания этой структуры в покое [13].

В недавних исследованиях было показано, что эндоцитозный белок эндофилин способен формировать жидкую фазу совместно с синапсином in vitro [9]. Коэкспрессия эндофилина и синапсина в COS7 клетках повышала способность смешанной жидкой фазы кластеризовать СВ-подобные везикулы и увеличивала площадь таких псевдо-синаптических кластеров. Однако какое значение имеет эндофилин для поддержания структуры РП в живом синапсе, осталось невыясненным [9].

В настоящей работе на кортикальных нейронах мы показали, что генетическое удаление эндофилинов А1, А2 и А3 в синапсах не нарушает плотность упаковки везикул в РП, что указывает на то, что эндофилин и белки, которые включаются в резервный пул с его помощью, не оказывают существенного влияния на организацию жидкой фазы СВ. Неожиданным оказалось значительное увеличение плотности везикул в РП при удалении динаминов 1 и 3. Возможным объяснением этому может быть отсутствие дублирования функций динамина при организации жидкой фазы. Для выяснения роли динамина в организации РП нужны дальнейшие исследования.

Источники финансирования. Работа выполнена при поддержке РНФ (№ 21–15–00227) и Шведского Совета по научным исследованиям (grants 2020–01731, 2020–01952), Шведского фонда исследований мозга (Hjärnfonden), а также гранта СПбГУ (ID93026594). Мы бы хотели поблагодарить д-ра I. Milosević (University of Oxford) за помощь в получении культур и обсуждении результатов.

Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Соответствие принципам этики. Работа выполнена с соблюдением международных принципов по использованию животных.

×

About the authors

N. V. Nifantova

Institute of Translational Biomedicine, St. Petersburg State University

Author for correspondence.
Email: oleg.shupliakov@ki.se
Russian Federation, St. Petersburg, 199034

A. G. Shishkov

Institute of Translational Biomedicine, St. Petersburg State University

Email: oleg.shupliakov@ki.se
Russian Federation, St. Petersburg, 199034

O. M. Korenkova

Institute of Translational Biomedicine, St. Petersburg State University

Email: oleg.shupliakov@ki.se
Russian Federation, St. Petersburg, 199034

E. Sopova

Institute of Translational Biomedicine, St. Petersburg State University; Karolinska Institutet

Email: oleg.shupliakov@ki.se
Russian Federation, St. Petersburg, 199034; Stockholm, 17177, Sweden

L. Brodin

Karolinska Institutet

Email: oleg.shupliakov@ki.se
Sweden, Stockholm, 17177

O. Shupliakov

Institute of Translational Biomedicine, St. Petersburg State University; Karolinska Institutet

Email: oleg.shupliakov@ki.se
Russian Federation, St. Petersburg, 199034; Stockholm, 17177, Sweden

References

  1. Pieribone V.A., Shupliakov O., Brodin, L., Hilfiker-Rothenfluh S., Czernik A.J., Greengard P. 1995. Distinct pools of synaptic vesicles in neurotransmitter release. Nature, 375, 493–497.
  2. Rizzoli S.O., Betz W.J. 2004. The structural organization of the readily releasable pool of synaptic vesicles. Science, 303, 2037–2039.
  3. Brodin L., Milovanovic D., Rizzoli S.O., Shupliakov O. 2022. alpha-Synuclein in the synaptic vesicle liquid phase: Active player or passive bystander? Front. Mol. Biosci., 9, 891508.
  4. Milovanovic D., Wu Y., Bian X., De Camilli P. 2018. A liquid phase of synapsin and lipid vesicles. Science, 361, 604–607.
  5. Pechstein A., Tomilin N., Fredrich K., Vorontsova O., Sopova E., Evergren E., Haucke V., Brodin L., Shupliakov O. 2020. Vesicle clustering in a living synapse depends on a synapsin region that mediates phase separation. Cell Rep., 30, 2594–2602.e3.
  6. Shupliakov O. 2009. The synaptic vesicle cluster: a source of endocytic proteins during neurotransmitter release. Neuroscience, 158, 204–210.
  7. Denker A., Kröhnert K., Bückers J., Neher E., Rizzoli S.O. 2011. The reserve pool of synaptic vesicles acts as a buffer for proteins involved in synaptic vesicle recycling. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108, 17183–17188.
  8. Sundborger A., Soderblom C., Vorontsova O., Evergren E., Hinshaw J.E., Shupliakov O. 2011. An endophilin-dynamin complex promotes budding of clathrin-coated vesicles during synaptic vesicle recycling. J. Cell. Sci., 124, 133–143.
  9. Yoshida T., Takenaka K.I., Sakamoto H., Kojima Y., Sakano T., Shibayama K., Nakamura K., Hanawa-Suetsugu K., Mori Y., Hirabayashi Y., Hirose K., Takamori S. 2023. Compartmentalization of soluble endocytic proteins in synaptic vesicle clusters by phase separation. iScience, 26, 106826.
  10. Milosevic I., Giovedi S., Lou X., Raimondi A., Collesi C., Shen H., Paradise S., O’Toole E., Ferguson S., Cremona O., De Camilli P. 2011. Recruitment of endophilin to clathrin-coated pit necks is required for efficient vesicle uncoating after fission. Neuron, 72, 587–601.
  11. Raimondi A., Ferguson S.M., Lou X., Armbruster M., Paradise S., Giovedi S., Messa M., Kono N., Takasaki J., Cappello V., O’Toole E., Ryan T.A., De Camilli P. 2011. Overlapping role of dynamin isoforms in synaptic vesicle endocytosis. Neuron, 70, 1100–1114.
  12. Gad H., Ringstad N., Low P., Kjaerulff O., Gustafsson J., Wenk M., Di Paolo G., Nemoto Y., Crun J., Ellisman M.H., De Camilli P., Shupliakov O., Brodin L. 2000. Fission and uncoating of synaptic clathrin-coated vesicles are perturbed by disruption of interactions with the SH3 domain of endophilin. Neuron, 27, 301–312.
  13. Шишков А.Г., Нифантова Н.В., Коренькова О.М., Сопова Е.С., Бродин Л., Шупляков О.В. 2023. BAR-домен-содержащие белки как возможные регуляторы белковой жидкой фазы в нервных окончаниях в центральной нервной системе. Биол. мембраны, 40 (3), 155–171.
  14. Shishkov A.G., Nifantova N.V., Korenkova O.M., Sopova E.S., Brodin L., Shupliakov O. 2023. BAR domain proteins as putative regulators of the protein liquid phase in nerve terminals in the central nervous system. Biochemistry (Moscow) Supplement Series A: Membrane and Cell Biology, 17, 69–82.
  15. Ferguson S.M., Brasnjo G., Hayashi M., Wolfel M., Collesi C., Giovedi S., Raimondi A., Gong L.W., Ariel P., Paradise S., O’Toole E., Flavell R., Cremona O., Miesenbock G., Ryan T.A., De Camilli P. 2007. A selective activity-dependent requirement for dynamin 1 in synaptic vesicle endocytosis. Science, 316, 570–574.
  16. Hoffmann C., Sansevrino R., Morabito G., Logan C., Vabulas R.M., Ulusoy A., Ganzella M., Milovanovic D. 2021. Synapsin condensates recruit alpha-synuclein. J. Mol. Biol., 433, 166961.
  17. Vargas K.J., Schrod N., Davis T., Fernandez-Busnadiego R., Taguchi Y.V., Laugks U., Lucic V., Chandra S.S. 2017. synucleins have multiple effects on presynaptic architecture. Cell Rep., 18, 161–173.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
2. Fig. 1. Effects of deletion of endophilin and dynamin genes on the organization of the CB reserve pool in asymmetric synapses in cortical neuron culture.

Download (1MB)

Copyright (c) 2024 The Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».