Визуализация корреляций с помощью тепловых карт в программной среде R

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Последние десятилетия активно изучается роль биото-тканевого комплекса (микробиота) желудочно-кишечного тракта в поддержании гомеостаза и формировании патофизиологических нарушений. С развитием технологии секвенирования генома открываются новые возможности в исследовании этой области. На определенном этапе статистической обработки данных возникает необходимость выполнения корреляционного анализа. Однако при большом количестве показателей наглядное представление данных может вызвать затруднения. Тепловые карты корреляций позволяют графически отобразить большой объем данных. В рукописи представлен опыт обработки и графического представления корреляций в виде тепловых карт.

Об авторах

В. Б. Гриневич

Военно-медицинская академия им. С.М. Кирова

Email: gulnara533@gmail.com

доктор медицинских наук, профессор

Россия, Санкт-Петербург

Г. Ф. Буненкова

Военно-медицинская академия им. С.М. Кирова

Автор, ответственный за переписку.
Email: gulnara533@gmail.com
Россия, Санкт-Петербург

С. П. Саликова

Военно-медицинская академия им. С.М. Кирова

Email: gulnara533@gmail.com

доктор медицинских наук

Россия, Санкт-Петербург

Д. В. Егоров

Военно-медицинская академия им. С.М. Кирова

Email: gulnara533@gmail.com

кандидат медицинских наук

Россия, Санкт-Петербург

Ю. А. Лазарева

Военно-медицинская академия им. С.М. Кирова

Email: gulnara533@gmail.com
Россия, Санкт-Петербург

С. Н. Петруков

Военно-медицинская академия им. С.М. Кирова

Email: gulnara533@gmail.com
Россия, Санкт-Петербург

Р. Г. Гусейнов

Клиническая больница Святителя Луки

Email: gulnara533@gmail.com
Россия, Санкт-Петербург

В. В. Перепелица

Клиническая больница Святителя Луки

Email: gulnara533@gmail.com
Россия, Санкт-Петербург

Н. С. Буненков

Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. И.П. Павлова

Email: gulnara533@gmail.com
Россия, Санкт-Петербург

С. В. Попов

Клиническая больница Святителя Луки

Email: gulnara533@gmail.com
Россия, Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Esipova O.Y., Bogdanov V.K., Esipov A.S. at al. Development of a new low-volume oxygenator and creation of a hydrodynamic test bench for ex vivo lung perfusion in small animals. Russian Journal of Transplantology and Artificial Organs. 2023; 25 (3): 106–12. doi: 10.15825/1995-1191-2023-3-106-112
  2. Gautier S.V., Tsirulnikova O.M., Pashkov I.V. at al. Normothermic ex vivo perfusion of isolated lungs in an experiment using a russian-made perfusion system. Russian Journal of Transplantology and Artificial Organs. 2022; 24 (2): 94–101. doi: 10.15825/1995-1191-2022-2-94-101
  3. Pashkov I.V., Gautier S.V., Bogdanov V.K., at al. Normothermic ex vivo lung perfusion using a developed solution followed by orthotopic left lung transplantation (experimental study). Russian Journal of Transplantology and Artificial Organs. 2023; 25 (2): 158–66. doi: 10.15825/1995-1191-2023-2-158-166
  4. Егошин В.Л., Иванов С.В., Саввина Н.В. и др. Визуализация исследовательских данных с использованием программной среды R. Экология человека. 2018; 8: 52–64 [Egoshin V.L., Ivanov S.V., Savvina N.V. et al. Visualization of Biomedical Data Using R. Human Ecology. 2018; 8: 52–64 (in Russ.)].
  5. Егошин В.Л., Иванов С.В., Саввина Н.В. и др. Расчет показателей описательной статистики с использованием программной среды R. Экология человека. 2018; 9: 55–64 [Egoshin V.L., Ivanov S.V., Savvina N.V. et al. Descriptive Statistics Using R. Human Ecology. 2018; 9: 55–64 (in Russ.)].
  6. Gautier S.V., Tsirulnikova O.M., Pashkov I.V. at al. Evaluation of the efficacy of a novel perfusion solution for normothermic ex vivo lung perfusion compared with Steen solution™ (animal experimental study). Russian Journal of Transplantology and Artificial Organs. 2021; 23 (3): 82–9. doi: 10.15825/1995-1191-2021-3-82-89
  7. Буненков Н.С., Буненкова Г.Ф., Комок В.В. и др. SAS Enterprise Guide 6.1 для врачей: сравнение групп. Медицинский академический журнал. 2019; 19 (4): 33–40 [Bunenkov N.S., Bunenkova G.F., Komok V.V. et al. SAS Enterprise Guide 6.1 for physicians: multiple comparisons. Medical academic journal. doi: 10.17816/MAJ17736 (in Russ.)].
  8. Буненков Н.С., Буненкова Г.Ф., Комок В.В., и др. SAS Enterprise Guide 6.1 для врачей: корреляционный анализ. Медицинский академический журнал. 2020; 20 (1): 51–6 [Bunenkov N.S., Bunenkova G.F., Komok V.V. et al. SAS Enterprise Guide 6.1 for physicians: correlation analysis. Medical academic journal. 2020; 20 (1): 51–6 (in Russ.)]. doi: 10.17816/MAJ17737
  9. Гржибовский А.М. Типы данных, проверка распределения и описательная статистика. Экология человека. 2008; 1: 52–8 [Grzybowski A.M. Data types, control of distribution and descriptive statistics. Human Ecology. 2008; 1: 52-8 (in Russ.)].
  10. Ким А.Д., Лепехова С.А., Чашкова Е.Ю. и др. Результаты оценки микробиоты в условиях экспериментального язвенного поражения толстой кишки анализ. Бюллетень сибирской медицины. 2021; 20 (1): 59–66 [Kim A.D., Lepekhova S.A., Chashkova E.Y. et al. Results of the microbiota assessment in experimental ulcerative colitis. Bulletin of Siberian Medicine. 2021; 20 (1): 59–66 (in Russ.)]. doi: 10.20538/1682-0363-2021-1-59-66
  11. Sung J., Rajendraprasad S.S., Philbrick K.L. et al. The human gut microbiome in critical illness: disruptions, consequences, and therapeutic frontiers. J Crit Care. 2024; 79: 154436. doi: 10.1016/j.jcrc.2023.154436
  12. Гржибовский А.М., Иванов С.В., Горбатова М.А. Корреляционный анализ данных с использованием программного обеспечения Statistica и SPSS. Наука и здравоохранение. 2017; 1: 7–36 [Grzhibovsky A.M., Ivanov S.V., Gorbatova M.A. Correlation analysis of data using Statistica and SPSS software. Science & Healthcare. 2017; 1: 7–36 (in Russ.)].
  13. Унгуряну Т.Н., Гржибовский А.М. Краткие рекомендации по описанию, статистическому анализу и представлению данных в научных публикациях. Экология человека. 2011; 5: 55–60 [Unguryanu T.N., Grjibovski A.M. Brief recommendations on description, analysis and presentation of data in scientific papers. Human Ecology. 2011; 5: 55–60 (in Russ.)].
  14. Егошин В.Л., Иванов С.В., Саввина Н.В. и др. Корреляционный и простой линейный регрессионный анализ с использованием программной среды R. Экология человека. 2018; 12: 55–64 [Egoshin V.L., Ivanov S.V., Savvina N.V. et al. Correlation and simple regression analysis using R. Human Ecology. 2018; 12: 55–64 (in Russ.)].
  15. Ушаков В.Г., Ушаков Н.Г. Критерии нормальности вероятностного распределения при округленных данных. Информатика и ее применение. 2023; 17 (1): 18–27 [Ushakov V.G., Ushakov N.G. Tests for normality of the probabilistic distribution when data are rounded. Informatics and Applications. 2023; 17 (1): 18–27 (in Russ.)]. doi: 10.14357/19922264230103

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Тепловая карта корреляций относительной представленности вида микроорганизма и показателей общего анализа мочи

Скачать (304KB)
Метаданные

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».