RNA-Chromatin Interactions. The Data Analysis.

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

This article reviews approaches to the study of data on RNA-chromatin interactions. Data sources and the data processing methods and protocol we developed are described. The RNA-Chrom database (https://rnachrom2.bioinf.fbb.msu.ru) is also described. Some features of the data are reviewed and future plans are presented.

About the authors

Grigory K. Ryabykh

Institute for Information Transmission Problems, RAS

Author for correspondence.
Email: ryabykhgrigory@gmail.com
Russian Federation, 19-1 Bolshoy Karetny Lane, Moscow, 127051, Russia

Anastasiya A. Zharikova

Lomonosov Moscow State University

Email: azharikova89@gmail.com
Russian Federation, 1-73 Leninskie Gory, Moscow, 119991, Russia

Ivan S. Ilnitskiy

Institute for Information Transmission Problems, RAS

Email: nfsus96@gmail.com
Russian Federation, 19-1 Bolshoy Karetny Lane, Moscow, 127051, Russia

Andrey A. Mironov

Lomonosov Moscow State University

Email: mironov@bioinf.fbb.msu.ru

Professor

Russian Federation, 1-73 Leninskie Gory, Moscow, 119991, Russia

References

  1. J.M. Engreitz, A. Pandya-Jones, P. McDonel, A. Shishkin, K. Sirokman, C. Surka, S. Kadri, J. Xing, A. Goren, E.S. Lander, K. Plath, M. Guttman Science, 2013, 341, 1. doi: 10.1126/science.1237973.
  2. M.D. Simon, C.I. Wang, P.V. Kharchenko, J.A. West, B.A. Chapman, A.A. Alekseyenko, M.L. Borowsky, M.I. Kuroda, R.E. Kingston Proc. Natl. Acad. Sci., 2011, 108, 20497. doi: 10.1073/pnas.1113536108.
  3. C. Chu, K. Qu, F.L. Zhong, S.E. Artandi, H.Y. Chang Mol. Cell, 2011, 44(4), 667. doi: 10.1016/j.molcel.2011.08.027.
  4. J.J. Quinn, I.A. Ilik, K. Qu, P. Georgiev, C. Chu, A. Akhtar, H.Y. Chang Nat. Biotechnol., 2014, 32, 933. doi: 10.1038/nbt.2943.
  5. T. Mondal, S. Subhash, R. Vaid, S. Enroth, S. Uday, B. Reinius, S. Mitra, A. Mohammed, A.R. James, E. Hoberg, A. Moustakas, U. Gyllensten, S.J.M. Jones, C.M. Gustafsson, A.H. Sims, F. Westerlund et al. Nat. Commun., 2015, 6, 1. doi: 10.1038/ncomms8743.
  6. H.P. Chu, C. Cifuentes-Rojas, B. Kesner, E. Aeby, H. Lee, C. Wei, H.J. Oh, M. Boukhali, W. Haas, J.T. Lee Cell, 2017, 170, 86. doi: 10.1016/j.cell.2017.06.017.
  7. B. Sridhar, M. Rivas-Astroza, T.C. Nguyen, W. Chen, Z. Yan, X. Cao, L. Hebert, S. Zhong Curr. Biol., 2017, 27, 602. doi: 10.1016/j.cub.2017.01.011.
  8. X. Li, B. Zhou, L. Chen, L.T. Gou, H. Li, X.D. Fu Nat. Biotechnol., 2017, 35, 940. doi: 10.1038/nbt.3968.
  9. J.C. Bell, D. Jukam, N.A. Teran, V.I. Risca, O.K. Smith, W.L. Johnson, J.M. Skotheim, W.J. Greenleaf, A.F. Straight Elife, 2018, 7, 1. doi: 10.7554/eLife.27024.
  10. Z. Yan, N. Huang, W. Wu, W. Chen, Y. Jiang, J. Chen, X. Huang, X. Wen, J. Xu, Q. Jin, K. Zhang, Z. Chen, S. Chien, S. Zhong Proc. Natl. Acad. Sci., 2019, 116, 3328. doi: 10.1073/pnas.1819788116.
  11. A. Bonetti, F. Agostini, A.M. Suzuki, K. Hashimoto, G. Pascarella, J. Gimenez, L. Roos, A.J. Nash, M. Ghilotti, C.J.F. Cameron, M. Valentine, Y.A. Medvedeva, S. Noguchi, E. Agirre, K. Kashi, Samudyata Nat. Commun., 2020, 11, 1. doi: 10.1038/s41467-020-14337-6.
  12. A.A. Gavrilov, A.A. Zharikova, A.A. Galitsyna, A.V. Luzhin, N.M. Rubanova, A.K. Golov, N.V. Petrova, M.D. Logacheva, O.L. Kantidze, S.V. Ulianov, M.D. Magnitov, A.A. Mironov, S.V. Razin Nucl. Acids Res., 2020, 48, 6699. doi: 10.1093/nar/gkaa457.
  13. G.K. Ryabykh, D.E. Mylarshchikov, S.V. Kuznetsov, A.I. Sigorskikh, T.Y. Ponomareva, A.A. Zharikova, A.A. Mironov Mol. Biol., 2022, 56, 210. doi: 10.1134/S0026893322020121.
  14. G.K. Ryabykh, S.V. Kuznetsov, Y.D. Korostelev, A.I. Sigorskikh, A.A. Zharikova, A.A. Mironov Database, 2023, 2023, baad025. doi: 10.1093/database/baad025.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2025 Ryabykh G.K., Zharikova A.A., Ilnitskiy I.S., Mironov A.A.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».