Method for phenotypic identification of Acinetobacter seifertii bacteria

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Abstract. The aim of the study is to increase the accuracy of Acinetobacter seifertii species identification by the phenotypic method. Study objects: 5 strains of A. seifertii (3 isolated in the microbiological laboratory at the Military Medical Academy, 2 strains obtained from the Pasteur Institute (St. Petersburg)). Clinical strains of the A. baumannii group (Ab group) isolated at the Military Medical Academy in 2023–2024 were also studied: A. baumannii (n = 152), of which 37 strains of the tryptophandestruens biovar, A. nosocomialis (n = 12), A. pittii (n = 6), 3 strains of A. calcoaceticus from the Neva River. The type of such strains was determined by MALDI-ToF mass spectrometry. The belonging of the strains to the Ab group was established by taxonomic tests. The biovar A. baumannii bv. tryptophandestruens was determined by a chromogenic reaction on sodium benzoate-containing nutrient medium. Urease of rapid activity was detected by a micro-volumetric method assessed 3 hours later. Utilization of D-xylose as the only carbon source was determined on a nutrient medium containing (g/l): D-xylose 2.0; NH4CI 5.0; NH4NO3 1.0; Na2SO4 2.0; K2HPO4 3.0; KH2PO4 1.0; MgSO4 0.1; bromothymol blue 1.6% aqueous solution 4 ml; bacteriological agar 15.0; distilled water 1 L; pH 7.2±0.2; sterilization at 112°C 20 min. A pure bacterial culture was studied, in which signs of the Ab group and growth on a sodium acetate-containing nutrient medium were previously detected (control of no auxotrophy). The agar bacteria culture was suspended in 0.1 ml of 0.85% sodium chloride solution, one loop of bacterial suspension was sown with a stroke on a nutrient medium with D-xylose and a medium without D-xylose (control), incubated aerobically at 30°C 24–48 hours. The absence of bacterial growth on a medium with D-xylose and a medium without D-xylose in the presence of their growth on a nutrient medium with sodium acetate indicates belonging to the species A. seifertii. Studies showed that all A. seifertii strains do not utilize D-xylose, and all strains of other species of the Ab group utilize D-xylose. A. seifertii bacteria do not utilize L-arabinose, however, 29.6±3.7% of A. baumannii strains do not utilize L-arabinose, including all 37 strains of the tryptophandestruens biovar, which determines the unreliability of this test for the identification of A. seifertii. Most strains of A. seifertii (4 out of 5) have a urease of rapid activity, which suggests their proximity to the species A. nosocomialis. A method has been developed for identification of A. seifertii bacteria based on a set of phenotypic features of Ab group bacteria with a test for D-xylose utilization. It has been established that the use of the D-xylose utilization test in conjunction with the detection of rapid urease activity allows to accurately identify the bacteria A. seifertii and A. nosocomialis among other species of the Ab group.

About the authors

E. P. Sivolodskii

Military Medical Academy named after S.M. Kirov

Email: lykraeva@yandex.ru

DSc (Medicine), Professor of the Department of Microbiology

Russian Federation, St. Peterburg

L. A. Kraeva

Military Medical Academy named after S.M. Kirov; St. Petersburg Pasteur Institute

Author for correspondence.
Email: lykraeva@yandex.ru

DSc (Medicine), Head of the Laboratory of Medical Bacteriology, St. Petersburg Pasteur Institute; Professor of the Department of Microbiology, Military Medical Academy named after S.M. Kirov

Russian Federation, St. Petersburg; St. Petersburg

E. V. Melnikova

Military Medical Academy named after S.M. Kirov

Email: lykraeva@yandex.ru

Head of the Laboratory of Microbiology, Central Clinical Diagnostic Laboratory

Russian Federation, St. Peterburg

References

  1. Сиволодский Е.П., Зуева Е.В. Способ фенотипической идентификации бактерий Acinetobacter nosocomialis // Инфекция и иммунитет. 2021. Т. 11, № 3. С. 591–596. [Sivolodskii E.P., Zueva E.V. Menhod for phenotypic identification of Acinetobacter nosocomialis bacteria. Infektsiya i immunitet = Russian of Journal of Infection and Immunity, 2021, vol. 11, no. 3, pp. 591–596. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619-MFP-1422
  2. Сиволодский Е.П., Краева Л.А., Мельникова Е.В. Горелова Г.В. Метод идентификации Acinetobacter baumannii bv. tryptophandestruens и его суббиоваров А и В // Инфекция и иммунитет. 2023. Т. 13, № 3. С. 591–595. [Sivolodskii E.P., Kraeva L.A., Melnikova E.V., Gorelova G.V. Method of Identification of Acinetobacter baumannii bv. tryptophandestruens and its subbiovars A and B. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2023, vol. 13, no. 5, pp. 591–595. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619-MFI-9379
  3. Сиволодский Е.П., Краева Л.А., Старкова Д.А., Михайлов Н.В., Горелова Г.В. Acinetobacter baumannii bv. tryptophandestruens выделенный из клинического материала // Инфекция и иммунитет. 2021. Т. 11, № 5. С. 965–972. [Sivolodskii E.P., Kraeva L.A., Starkova D.A., Mikhailov N.V., Gorelova G.V. Acinetobacter baumannii bv. tryptophandestruens bv. nov. isolated from clinical simplex. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2021, vol. 11, no. 5, pp. 965–972. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619-ABB-1676
  4. Cerezales C., Xantopoulou K., Ertel J., Bustamante Z., Seifert H., Gallego L., Higgins P.G. Identification of Acinetobacter seifertii isolated from Bolivian hospitals. J. Med. Microbiol., 2018, vol. 67, no. 6, pp. 834–837. doi: 10.1099/jmm.0.00075
  5. Cosgaya C., Mari-Almirall M., Van Assche A., Fernandez-Orth D., Mosqueda N., Telli M., Huys G., Higgins P.G., Seifertii H., Lievens D. Roca I., Vila J. Acinetobacter dijkshoorniae sp. nov., a member of the Acinetobacter calcoaceticus — Acinetobacter baumannii complex mainly recovered from clinical samples in different countries. Int. J. Sys. Evol. Microbiol., 2016, vol. 66, no. 10, pp. 4105–4111. doi: 10.1099.0.001318
  6. Kishii K., Kikuchi K., Tomido J.,Kawamura Y., Yoshido A., Okuzumi K., Moriva K. The first cases of human bacteremia caused by Acinetobacter seifertii in Japan. J. Infect.Chemother., 2015, vol. 22, no. 5, pp. 342–345. doi: 10.1016/j.jiac.2015.12.002
  7. Li L.H., Yang Y.S., Sun J.R., Huang T.W., Huang W.C., Chen F.J., Wang Y.C., Kuo T.H., Kuo S.C., Chen T.L., Lee Y.T.; ACTION study group. Clinical and molecular characterization of Acinetobacter seifertii in Taiwan. J. Antimicrob. Chemother., 2021, vol. 76, no. 2, pp. 312–321. doi: 10.1093/jac/dkaa432
  8. Nemec A., Krizova I., Maixnerova M., Sedo O., Brisse S., Higgins P.G., Acinetobacter seifertii sp. nov., a member of the Acinetobacter calcoaceticus — Acinetobacter baumannii complex, isolated from human clinical specccimens. Int. J. Sys. Evol. Microbiol., 2015, vol. 65, no. 3, pp. 934–942. doi: 10.1099/iijs.0.000043

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML

Copyright (c) 2025 Sivolodskii E.P., Kraeva L.A., Melnikova E.V.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».