The eukaryotic system in the third update of the interface “Eukaryotic supergroups: Taxonomy/Biotechnology interface”: Formal procedures for rank changes

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

The problem of coordinating the ranks of higher eukaryotic taxa was specifically considered by us in the monograph and a recent article. However, we omitted most of the formal descriptions of the proposed taxa in the new rank. The purpose of this article is a formal description of a number of taxa established by us in the monograph “Nomenclature and rank correlation of higher taxa of eukaryotes and subsequent interface updates”. Here we formally described such taxa as Eocorticata regn. nov., Tsaralia regn. nov., Apusomonadea intraregn. nov., Breviatea intraregn. nov., Eochromista superphyl. nov., Zoosporia superphyl. nov., Eurhodophyta div. nov., Proteorhodophyta div. nov., Anaeramoebea phyl. et cl. nov., Calkinsea phyl. nov., Meteora phyl. nov., Syssomonadea phyl. nov., Chlorodendrophytina subdiv. nov., Chloropicophytina subdiv. nov., Dikaryomycotina subdiv. nov., Pedinophytina subdiv. nov., Picocystophytina subdiv. nov., Sanchytriomycotina subdiv. nov., Agaricomycia supercl. nov., Calcarisporiellomycia supercl. nov., Ceratiomyxomycia supercl. nov., Chytridiomycia supercl. nov., Entomophthoromycia supercl. nov., Entorrhizomycia supercl. nov., Kickxellomycia supercl. nov., Mortierellomycia supercl. nov., Mucoromycia supercl. nov., Myxogasteromycia supercl. nov., Monoblepharomycia supercl. nov., Neocallimastigomycia supercl. nov., Saccharomycia supercl. nov., Acytosteliomycetes cl. nov., Liceomycetes cl. nov., Microheliellida cl. nov., Paratrimastigidea cl. nov., Protosporangiomycetes cl. nov., Pycnococcophyceae cl. nov. The main trends of further improvement of the rank structure of the eukaryote tree we see in 1) some multiplication of the supregroups described for the few taxa now located among the Amoebozoans and TSAR, as well as many environmental sequences; 2) further rationalization of the Fungi and Metazoa system using intercalary taxonomic categories (including additional and not prescribed in both nomenclatural codes ones), and 3) further automatization of the ranking procedure and solving the problem of rank estimating for distant “orphan” taxa.

About the authors

Ivan V. Zmitrovich

Komarov Botanical Institute of the Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: iv_zmitrovich@mail.ru

D.Sc. in Biology, Leading Researcher, Laboratory of Systematics and Geography of the Fungi, Komarov Botanical Institute RAS

Russian Federation, Saint Petersburg

Vladimir V. Perelygin

Saint Petersburg State Chemical and Pharmaceutical University

Email: vladimir.pereligin@pharminnotech.com

Dr. Med.Sci., Professor, Head of the Industrial Ecology Department, Saint Petersburg State Chemical and Pharmaceutical University of the Ministry of Health of the Russian Federation

Russian Federation, Saint Petersburg

Mikhail V. Zharikov

Saint Petersburg State Chemical and Pharmaceutical University

Email: zharikov.mihail@pharminnotech.com

Senior Laboratory Assistant at the Department of Industrial Ecology, St. Petersburg State Chemical and Pharmaceutical University of the Ministry of Health of the Russian Federation

Russian Federation, Saint Petersburg

References

  1. Sweetlove L. Number of species on Earth tagged at 8.7 million. Nature. 2011. doi: 10.1038/news.2011
  2. Starobogatov Ya.I. Natural system and artificial systems (goal and principles of taxonomist). Vestnik zoologii. 1989. No. 6. P. 3–7 (in Russ.).
  3. Zmitrovich I. V., Psurtseva N. V., Belova N. V. Evolutionary and taxonomic aspects of the search and study of lignin-destroying fungi as active producers of oxidative enzymes. Mikologiya i fitopatologiya. 2007. V. 41 (1). P. 57–78 (in Russ.).
  4. Zmitrovich I. V., Perelygin V. V., Zharikov M. V. Supergroups of eukaryotes through a biotechnologist’s look. The system of eukaryotes and the need for a taxonomic/biotechnological interface. Pharmacy Formulas. 2022. V. 3(4). P. 52–65 (in Russ.). doi: 10.17816/phf101311
  5. Zmitrovich I. V., Perelygin V. V., Zharikov M. V. Eukaryotic supergroups: Taxonomy/Biotechnology interface. 2022. https://supergroups.ru
  6. Zmitrovich I. V., Perelygin V. V., Zharikov M. V. Eukaryotic supergroups: Taxonomy/Biotechnology interface. 2023. https://supergroups.ru
  7. Zmitrovich I. V., Perelygin V. V., Zharikov M. V. Eukaryotic supergroups: Taxonomy/Biotechnology interface. 2024. https://supergroups.ru
  8. Bremer K., Humphries C. J., Mishler B. D., Churchill S. P. On cladistic relationships in green plants. Taxon. 1987. V. 36 (2). P. 339–349.
  9. Chase M. W., Reveal J. L. A phylogenetic classification of the land plants to accompany APG III. Bot. J. Linn. Soc. 2009. V. 161 (2). P. 122–127.
  10. Zmitrovich I. V., Perelygin V. V., Zharikov M. V. Nomenclature and rank correlation of higher taxa of eukaryotes: monograph. Moscow: INFRA-M, 2022.
  11. Zmitrovich I. V., Perelygin V. V., Zharikov M. V. System of eukaryotes in the third update of the interface “Eukaryotic supergroups: Taxonomy/Biotechnology interface” (2024) // Pharmacy Formulas. 2024. V. 6 (3). P. 48–54 (in Russ.). doi: 10.17816/phf639995
  12. Queiroz de K., Cantino P., Gauthier J. (eds). Phylonyms. A companion to the PhyloCode. 1st edn. CRC Press, Boca Raton, 2020.
  13. Ride W. D. L., Cogger H. G., Dupuis C. et al. International Code of Zoological Nomenclature. Fourth edition. Tipografia La Ga-rangola, Padova, 2000.
  14. Turland N. J., Wiersema J. H., Barrie F. R. et al. International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Shenzhen Code). Regnum Vegetabile 159. Koeltz Botanical Books, Glashütten, 2018.
  15. Linnaeus C. Species Plantarum. T. 2. L. Salm, Holm, 1753.
  16. Fries E. M. Systema mycologicum, sistens fungorum ordines, genera et species, hucusque cognitas, quas ad normam methodi naturalis determinavit, disposuii atque descripsit. V. 1. Gryphiswald, 1821.
  17. Persoon C. Synopsis methodica fungorum. Gottingae, 1801.
  18. May T. W., Redhead S. A., Bensch K. et al. Chapter F of the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants as approved by the 11th International Mycological Congress, San Juan, Puerto Rico, July 2018. IMA Fungus. 2019. V. 10. P. 21. doi: 10.1186/s43008-019-0019-1
  19. Moore R. T. Proposal for the recognition of super ranks. Taxon. 1974. V. 23 (4). P. 650–652.
  20. Yubuki N., Edgcomb V. P., Bernhard J. M. et al. Ultrastructure and molecular phylogeny of Calkinsia aureus: cellular identity of a novel clade of deep-sea euglenozoans with epibiotic bacteria. BMC Microbiol. 2009. V. 9. Art. 16. doi: 10.1186/1471-2180-9-16
  21. Brown M. W., Sharpe S. C., Silberman J. D. et al. Phylogenomics demonstrates that breviate flagellates are related to opisthokonts and apusomonads. Proc. Roy. Soc. London B. Biol. Sci. 2013. V. 280 (1769). P. 17–55. doi: 10.1098 /rspb.2013.1755
  22. Sheikh S., Thulin M., Cavender J. C. et al. A new classification of the Dictyostelids. Protist. 2018. V. 169 (1). P. 1–28. doi: 10.1016/j.protis.2017.11.001.
  23. Kendrick B. The fifth kingdom. Waterloo, 1985.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2024 Eco-Vector

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».