Открытый доступ
Доступ предоставлен
Только для подписчиков
Том 51, № 3 (2025)
Статьи
РОЛЬ ФОСФОЛИПИДНЫХ ПРОИЗВОДНЫХ ЦИКЛОДЕКСТРИНОВ В ФОРМИРОВАНИИ СТАБИЛЬНЫХ ЛИПИДНЫХ НАНОЧАСТИЦ ДЛЯ ДОСТАВКИ ЛЕКАРСТВЕННЫХ ПРЕПАРАТОВ
Аннотация
Рассмотрены физические методы исследования структурных характеристик комплексов включения супрамеров фосфолипидных производных циклодекстринов. Эта модификация придает циклодекстрину дополнительные структурные особенности, повышая его растворимость и стабильность в водных средах. Подобные новые соединения могут самособираться в водной среде в различные типы супрамолекулярных нанокомплексов. Биомедицинские применения предусмотрены для наноинкапсулирования молекул лекарственных средств в гидрофобных межцепочечных объемах и нанополостях амфифильных циклодекстринов (служащих в качестве носителей лекарственных средств или фармацевтических вспомогательных веществ), противоопухолевой фототерапии, доставки генов, а также для защиты нестабильных активных ингредиентов путем комплексообразования включений в наноструктурированных средах. Основное внимание уделяется изучению морфологии наночастиц, т.к. эффективные системы доставки должны соответствовать определенным требованиям. Классические физические методы не могут дать подробной информации о свойствах потенциальных структур для применения в биомедицине. Для этого необходим поиск новых неинвазивных подходов.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):375-387
375-387
МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ПОСТТРАНСЛЯЦИОННЫХ МОДИФИКАЦИЙ ЦИТОСКЕЛЕТНОГО БЕЛКА ЗИКСИНА Xenopus laevis
Аннотация
Цитоскелетный LIM-доменный белок зиксин активно изучается в связи с его вовлеченностью в основные процессы, происходящие в клетке - от механосенсорной функции и регуляции полимеризации актина в клеточных контактах до участия в регуляции генной экспрессии в ядре. Нарушение экспрессии и процессинга зиксина наблюдается при канцерогенезе и приводит к развитию сердечно-сосудистых заболеваний. Для зиксина млекопитающих известно, что этот белок подвергается посттрансляционным модификациям, которые регулируют его активность и внутриклеточную локализацию. Поскольку зиксин эволюционно высококонсервативный белок, мы провели поиск посттрансляционных модификаций гомолога зиксина из шпорцевой лягушки Xenopus laevis с использованием хромато-масс-спектрометрии. Для поиска модифицированных пептидов был применен метод обогащения при помощи коиммунопреципитации эндогенного зиксина из лизатов клеток зародышей на стадии гаструлы. В результате были обнаружены неизвестные ранее модификации этого белка - N-концевое ацетилирование по позиции Met1 и фосфорилирование по Ser197 и Ser386. Для идентификации изоформ зиксина с различной электрофоретической подвижностью было проведено разделение с помощью электрофореза в ПААГ. Зиксин был обнаружен в полосах с электрофоретической подвижностью 70 и 105 кДа. Таким образом, в работе получены новые данные о посттрансляционных модификациях зиксина из X. laevis. Поскольку дефекты механической передачи сигнала связаны с нарушениями развития, онкогенезом и метастазированием, изучение модификаций и процессинга механочувствительного белка зиксина на модельном организме X. laevis открывает возможности для диагностических исследований на молекулярном уровне, которые в дальнейшем могут быть использованы для определения перспективности применения лекарственных препаратов в фармакологии.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):388-397
388-397
КОМБИНИРОВАННОЕ ДЕЙСТВИЕ ГИБРИДНОГО ВК5-СПЕЦИФИЧЕСКОГО ВАРИАНТА ЦИТОКИНА TRAIL С ОЛАПАРИБОМ НА ЛИНИЯХ ОПУХОЛЕВЫХ КЛЕТОК С РАЗЛИЧНЫМ МУТАЦИОННЫМ СТАТУСОМ ГЕНОВ BRCA
Аннотация
Индукция гибели опухолевых клеток путем активации сигнального пути цитокина TRAIL (tumor necrosis factor-related apoptosis inducing ligand) - перспективная стратегия противоопухолевой терапии. Ранее нами была разработан гибридный белок SRH-DR5-B-iRGD на основе DR5 (death receptor 5)-селективного варианта цитокина TRAIL DR5-B с антиангиогенными пептидами. Пептид SRH специфично связывается с рецептором VEGFR2 (vascular endothelial growth factor receptor 2) и блокирует его VEGF-опосредованную активацию; пептид iRGD связывается с интегрином av03 и рецептором NRP-1 (нейропилином-1). Известно, что все перечисленные мишени гиперэкспрессированы на поверхности опухолевых клеток. В данной работе исследована цитотоксическая активность гибридного белка SRH-DR5-B-iRGD в сравнении с DR5-B in vitro на линиях клеток аденокарциномы яичника и молочной железы с различным мутационным статусом генов BRCA в комбинации с таргетным ингибитором поли(АДФ-рибоза)-полимераз (PARP) олапарибом. Олапариб синергично усиливал цитотоксичность белков на основе TRAIL независимо от наличия у клеток мутаций в генах BRCA, причем этот эффект был более выражен для SRH-DR5-B-iRGD. Таким образом, комбинированное действие SRH-DR5-B-iRGD с олапарибом можно рассматривать в качестве нового подхода к терапии аденокарциномы яичника и молочной железы независимо от наличия мутаций в генах BRCA.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):398-407
398-407
СИКВЕНС-СПЕЦИФИЧНОСТЬ ДИМЕРНЫХ БИСБЕНЗИМИДАЗОЛОВ К АТ-ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯМ ДНК РАЗЛИЧНОГО НУКЛЕОТИДНОГО СОСТАВА, ОПРЕДЕЛЕННАЯ С ПОМОЩЬЮ ФУТПРИНТИНГА
Аннотация
Сайт-специфичность связывания с ДНК трех серий узкобороздочных лигандов - димерных бисбензимидазолов DB2(n), DB2P(n) и DB2Py(n) - впервые определена методом футпринтинга с ДНКазой I. Соединения состоят из двух бисбензимидазольных блоков, соединенных между собой олигометиленовыми линкерами различной длины (n). У DB2(n) и DB2P(n) общий мономер MB2 представляет собой аналог Hoechst 33342, в котором удалено гидрофобное этоксифенильное ядро и на его место введена гидрофильная аминометиленовая группа. В состав структуры молекул серии DB2Py(n) входят два бензимидазольных кольца и одна пирролкарбоксамидная группа, являющаяся структурной единицей антибиотика нетропсина, специфичного к АТ-последовательностям ДНК. Показано, что все исследуемые соединения имеют специфичность в отношении АТ-пар нуклеотидов ДНК. Димерные бисбензимидазолы серии DB2P(n) и DB2(n) обладают повышенным сродством к последовательностям (AATT)3 и ТТТТ. Для DB2Py(n) определена высокая специфичность к АТ-богатым последовательностям и склонность первоочередно связываться с TTTT-мотивом. Все исследованные соединения не взаимодействуют с последовательностями, содержащими менее четырех AT-пар оснований. Результаты демонстрируют потенциал этих соединений как инструментов для воздействия на определенные последовательности ДНК, что открывает перспективы их применению в молекулярной биологии и разработке лекарственных препаратов.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):408-417
408-417
СИНТЕЗ И ИЗУЧЕНИЕ ЦИТОТОКСИЧНОСТИ ПРОИЗВОДНЫХ 3β-АЦЕТО-КСИУРС-12-ЕН-28-ОИЛ-ТИОМОЧЕВИНЫ
Аннотация
Взаимодействием 3β-ацетокси-урс-12-ен-28-оил-хлорида с роданидом калия был получен 3β-ацетоксиурс-12-ен-28-оил-изотиоцианат. В результате конденсации тритерпенового ацилизоцианата с рядом аминопроизводных синтезирован набор замещенных 3β-ацетоксиурс12-ен-28-оил-тиомочевин с выходами 69-88%. CuAAC-реакция циклоприсоединения N-(2азидоэтилкарбамотиоил)-3-ацетоксиурс-12-ен-28-оил-амида с пропаргиловым спиртом и 3-(проп2-инилокси)-4,5-((R,S)-метоксиметилендиокси)-бензоатом приводила к образованию гибридных ацилтиомочевин, содержащих 1,2,3-триазольный линкер с выходами 72 и 75%. В CuAAC-реакции N-(проп-2-инилкарбамотиоил)-3β-ацетоксиурс-12-ен-28-оил-амида с замещенными азидами ацилтиомочевины, содержащие 1,2,3-триазол, выделены только с умеренными выходами 48-62%. Использование однореакторного варианта синтеза с получением замещенных (1H-1,2,3-триазол-4-ил)метанаминов в реакции пропаргиламина с замещенными азидами с последующей конденсацией с 3β-ацетоксиурс-12-ен-28-оил-изотиоцианатом позволило повысить выход 1,2,3-триазолсодержащих ацилтиомочевин до 65-85%. Полярные тритерпеновые ацилтиомочевины, содержащие карбоксильную или спиртовые группы, проявляли высокую ингибирующую активность в отношении клеток HepG2, существенно превосходившую стартовое соединение - урсоловую кислоту, а также были более селективными по сравнению с доксорубицином. Среди ацилтиомочевин, продуктов CuAAC-циклоприсоединения, наиболее активным было полярное производное с (1H-1,2,3триазол-4-ил)метанольным заместителем, цитотоксичное для всех изученных клеток, включая неопухолевый контроль, но превосходящее по селективности доксорубицин. Гибриды урсанового ряда с производными ацилтиомочевин представляют интерес для дальнейшего изучения в качестве перспективных противоопухолевых агентов.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):418-431
418-431
ВЛИЯНИЕ РАЗЛИЧНЫХ ПОКРЫТИЙ НА ИММОБИЛИЗАЦИЮ БИОМОЛЕКУЛ В ЯЧЕЙКАХ ИЗ ЩЕТОЧНЫХ ПОЛИМЕРОВ
Аннотация
Биочипы с белковыми и олигонуклеотидными зондами используются для анализа образцов белков и нуклеиновых кислот. Ключевые задачи технологии - подбор материалов для подложек и функционализация поверхности. В данной работе проводили модификацию подложек из полибутилентерефталата, покрывая их фотоактивными полимерами: поли(этилен-со-пропилен-со-5-метилен-2-норборненом), ацетилцеллюлозой, поливинилацетатом и поливинилбутиралем. Покрытия наносили методом центрифугирования и высушивали. Исследовали влияние покрытия на характеристики биочипов. Методом фотоинициируемой радикальной полимеризации получали матрицу гидрофильных ячеек из щеточных полимеров с эпоксидными группами для иммобилизации ДНК-зондов и иммуноглобулинов человека. Функциональность зондов исследовали гибридизационным анализом и реакцией со специфичными антителами. Оценивали эффективность связывания зондов с молекулярными мишенями на биочипах с различными покрытиями. Ячейки на подложках с покрытиями поливинилбутиралем и поли(этилен-со-пропилен-со-5-метилен-2-норборненом) продемонстрировали лучшую эффективность связывания и слабую адсорбцию мишеней, обеспечивая высокую контрастность флуоресцентного изображения после связывания зондов. Биочипы на таких подложках перспективны для технологии микроанализа "лаборатория на чипе".
Биоорганическая химия. 2025;51(3):432-443
432-443
СРАВНЕНИЕ АНАЛИЗА ДНК НА БИОЧИПАХ С ЯЧЕЙКАМИ ИЗ ЩЕТОЧНЫХ ПОЛИМЕРОВ И ПЕРЕКРЕСТНО-СШИТЫХ ПОЛИМЕРОВ
Аннотация
Регулирование свойств поверхности подложек в технологии биочипов открывает возможность оптимизации платформ для эффективного распознавания биомолекул. Исследование направлено на изучение возможностей использования щеточных полимеров для повышения чувствительности и скорости анализа ДНК на биочипах. Ячейки из щеточных полимеров для биочипов получали методом УФ-инициируемой полимеризации мономеров от поверхности на подложках из полиэтилентерефталата. Ячейки из перекрестно-сшитых гидрогелевых полимеров для биочипов получали на подложках из полибутилентерефталата методом сополимеризации компонентов геля с ДНК-зондами. Зонды в ячейках из щеточных полимеров иммобилизовали через активированные карбоксильные группы. Для гибридизационного анализа применяли одноцепочечную ДНК-мишень длиной 124 нуклеотида, соответствующую 7-му экзону гена АВО человека. Изучали гибридизацию ДНК-мишени на биочипах с ячейками из щеточных полимеров и из перекрестно-сшитых полиакриламидных гидрогелей. Оценку результатов гибридизационного анализа на биочипах проводили методом цифровой флуоресцентной микроскопии. В ячейках из щеточных полимеров наблюдали более высокую интенсивность флуоресцентных сигналов и более высокое отношение сигналов ячеек с совершенными дуплексами к сигналам ячеек с несовершенными дуплексами по сравнению с ячейками из трехмерных перекрестно-сшитых полимеров. Достижение гибридизационного сигнала до 90% от насыщения происходило за одинаковое время в ячейках обоих типов. Актуальность данной работы обусловлена необходимостью разработки высокоточных и эффективных методов диагностики, позволяющих проводить анализ биомолекул с минимальными затратами времени и реагентов. Разработка биочипов на основе щеточных полимеров позволит повысить точность и чувствительность молекулярных исследований, что особенно важно для ранней диагностики заболеваний.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):444-450
444-450
СПОСОБ ПОВЫШЕНИЯ ЭФФЕКТИВНОСТИ СЕЛЕКЦИИ АПТАМЕРОВ К КЛЕТОЧНЫМ РЕЦЕПТОРАМ
Аннотация
Предложен способ повышения эффективности селекции аптамеров к клеточным рецепторам методом cell-Selex, в частности к рецепторной тирозинкиназе с-KIT. Использование Tween 20 в составе буферных растворов в концентрации, не превышающей 0.01%, а также трипсинолиз поверхностных белков на стадии элюции связавшейся с поверхностью клеток комбинаторной библиотеки олигонуклеотидов привело к повышению специфичности аптамеров и уменьшению неспецифической сорбции согласно результатам флуоресцентной микроскопии, термофлуориметрического анализа и высокоточного секвенирования.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):451-460
451-460
КОМБИНИРОВАННОЕ ВОЗДЕЙСТВИЕ СЕНЕКСИНА В И ПРОТИВООПУХОЛЕВЫХ АГЕНТОВ НА КЛЕТОЧНЫЕ ЛИНИИ НЕЙРОБЛАСТОМЫ И ГЛИОБЛАСТОМЫ
Аннотация
Такие нейрогенные опухоли, как нейробластома и глиобластома, обладают высокой гетерогенностью и отличаются особо агрессивным поведением: им свойственны быстрый рост, метастазирование и устойчивость к лечению. При этом в обеих опухолях встречается нарушение копийности онкогена MYCN, нарушение транскрипции генов и общая высокая транскрипционная дерегуляция. В данной работе была проведена оценка выживаемости клеток глиобластомы и нейробластомы и анализ ПЦР в реальном времени для оценки изменения экспрессии онкогенов MYCN, HAND2, PHOX2A, PHOX2B после воздействия препаратом сенексин В в комбинации с темозоломидом и потенциальным терапевтическим агентом 10058-F4. В результате была замечена тенденция повышения экспрессии гена PHOX2B и снижения экспрессии гена PHOX2A после воздействия препаратами в одной из линий нейробластомы и обеих линиях глиобластомы, также отмечалось увеличение экспрессии генов MYCN и HAND2. Тесты на жизнеспособность показали, что вещество 10058-F4 эффективно против линии нейробластомы, но не линий глиобластомы. Однако сенексин В усиливал ингибирующее действие 10058-F4 на линиях глиобластомы, а также усилил действие темозоломида на клеточной линии T98G.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):461-468
461-468
2-ФТОРКОРДИЦЕПИН: ХИМИКО-ФЕРМЕНТАТИВНЫЙ СИНТЕЗ И ИЗУЧЕНИЕ ЦИТОТОКСИЧНОСТИ IN VITRO
Аннотация
Предложены и реализованы два метода получения 2-фторкордицепина: химический синтез из 2 -фтораденозина c выходом 34% и химико-ферментативный синтез с выходом 66%, включающий получение 3-дезоксиэритропентофуранозо-1-фосфата и последующее трансгликозилирование с помощью пуриннуклеозидофосфорилазы E. соИ. Проведена оценка цитотоксической активности 2-фторкордицепина in vitro. Показано, что 2-фторкордицепин проявляет антиметаболический эффект в отношении ряда опухолевых клеточных линий (Jurkat, Raji, MCF-7, THP-1, U937, A549, LS174T), что позволяет рассматривать это соединение в качестве перспективного кандидата для дальнейшего изучения in vivo.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):469-485
469-485
РЕГУЛЯЦИЯ СТАБИЛЬНОСТИ ТРАНСКРИПТОВ ГЕНА ПЛЮРИПОТЕНТНОСТИ СЕМЕЙСТВА pou5f3 РИБОНУКЛЕОПРОТЕИНОВЫМИ КОМПЛЕКСАМИ Ybx1 НА РАННИХ ЭТАПАХ РАЗВИТИЯ Xenopus laevis
Аннотация
Проведено исследование механизма регуляции стабильности транскриптов генов семейства pou5f3 белком рибонуклеопротеиновых комплексов Ybx1. Известно, что у шпорцевой лягушки Xenopus laevis есть три гена семейства POU5: pou5f3.1/oct91, pou5f3.2/oct25, pou5f3.3/oct60. Факторы семейства Pou5f.3 выступают ортологами фактора плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток OCT4 млекопитающих. При этом экспрессия генов, кодирующих эти факторы, различается во времени. Так, транскрипты гена pou5f3.3/oct60 запасаются в ооцитах, присутствуют в большом количестве в оплодотворенной яйцеклетке - зиготе, а далее только деградируют. Транскрипты pou5f3.2/oct25 также присутствуют зиготе, но в дальнейшем развитии их количество еще более возрастает. Наконец, транскрипция pou5f3.1/oct91 начинается только после активации генома зародыша на стадии средней бластулы. Нами выявлена гораздо более высокая специфичность фактора Ybxl к образованию комплекса с материнской мРНК гена pou5J3.3/oct60 по сравнению с зиготическими мРНК генов pou5f3.1/oct91, pou5f3.2/oct25. Поскольку Ybxl - белок, который с одной стороны, участвует во взаимодействии с белками цитоскелета, а с другой, связывает и стабилизирует материнскую мРНК генов плюрипотентности, можно предположить его связующую роль между деградацией этих материнских транскриптов и перестройкой цитоскелета в период начала морфогенетических движений клеток в процессе формирования зародышевых листков.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):486-495
486-495
ПОИСК ВОЗМОЖНЫХ САЙТОВ КОНЪЮГАЦИИ ЭЛЕКТРОФИЛОВ С БИОМОЛЕКУЛАМИ С ПОМОЩЬЮ МЕТОДОВ МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ
Аннотация
Способность к быстрой реакции образования аддуктов с нуклеофильными группами белков, нуклеиновых кислот и липидов во многом определяет токсические эффекты электрофилов. С учетом того, что количество токсичных электрофилов практически не ограничено, а образовывать аддукты они могут со многими молекулярными мишенями, сугубо эмпирический подход к характеристике аддуктома заведомо непродуктивен. Цель настоящего исследования - разработать методику первичной in silico оценки вероятности конъюгации электрофилов с тем или иным сайтом модификации. Для модельной группы электрофилов с помощью метода теории функционала плотности были рассчитаны квантово-химические индексы, методом молекулярного докинга проведен поиск приоритетных сайтов ковалентного связывания исследуемых веществ. На основании полученных результатов была разработана шкала для оценки жесткости электрофилов и составлен алгоритм для компьютерного отбора возможных сайтов конъюгации электрофилов с биологическими макромолекулами.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):496-515
496-515
СИНТЕЗ, ИЗУЧЕНИЕ ПРОТИВООПУХОЛЕВОЙ АКТИВНОСТИ И ВОЗДЕЙСТВИЯ (4-АЛКОКСИФЕНИЛ)(3-АРИЛОКСИРАН-2-ИЛ)-МЕТАНОНОВ НА ОПУХОЛЕВУЮ ДНК В УСЛОВИЯХ IN VITRO
Аннотация
Конденсацией 1-(4-алкоксифенил)этанонов с ароматическими альдегидами в присутствии гидроксида натрия в водно-этанольном растворе были получены (2Е)-3-арил-1-(4-алкоксифенил)проп-2-ен-1-оны. Последующее окисление этих соединений перекисью водорода в системе вода-этанол в щелочной среде при комнатной температуре приводит к соответствующим эпоксидным производным. Оценено влияние синтезированных соединений на процессы метилирования опухолевой ДНК in vitro и противоопухолевую активность 4-(пентилокси)фенилметанона in vivo.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):516-522
516-522
ПИСЬМА РЕДАКТОРУ
ВЛИЯНИЕ НЕСТРУКТУРИРОВАННЫХ УЧАСТКОВ НА ЭКСПРЕССИЮ TIR-ДОМЕНОВ TOLL-ПОДОБНЫХ РЕЦЕПТОРОВ В РАСТВОРИМОМ ВИДЕ
Аннотация
Исследовано влияние С-концевого региона на растворимость TIR-доменов TLR4 и TLR10 при гетерологической экспрессии в клетках Escherichia coli. Показано, что отсутствие этого неструктурированного участка существенно увеличивает накопление глобулярных доменов в растворимой форме. Полученные данные дополняют предложенные ранее протоколы получения TIR-доменов семейства TLR для проведения структурных исследований, в том числе методом ЯМР-спектроскопии.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):523-530
523-530
ОПРЕДЕЛЕНИЕ МУТАЦИЙ ПРОМОТОРА ГЕНА TERT В ОБРАЗЦАХ ГЛИОМ МЕТОДОМ АЛЛЕЛЬ-СПЕЦИФИЧНОЙ ГИБРИДИЗАЦИИ НА БИОЛОГИЧЕСКОМ МИКРОЧИПЕ
Аннотация
Соматические мутации в промоторе гена обратной транскриптазы теломеразы (TERT) могут вызывать реактивацию фермента теломеразы, что стимулирует неопластические процессы в организме. Наиболее часто мутации C228T и C250T промотора гена TERT (TERTp) обнаруживают в глиомах головного мозга, для которых они выступают важными диагностическими и прогностическими маркерами. Для определения мутаций TERTp разработан подход, включающий амплификацию участка промотора и последующую гибридизацию c иммобилизованными зондами на биологическом микрочипе (биочипе). С использованием данного подхода проведено исследование мутационного статуса TERTp в 94 образцах глиом (астроцитома, олигодендроглиома, глиобластома). Для верификации результатов генотипирования использовали данные таргетного секвенирования на платформе Illumina и прямого секвенирования по Сэнгеру. Всего мутации TERTp были обнаружены в 62 из 94 образцов (66%), наиболее часто у пациентов с глиобластомой (71%). Мутация C228T (69%) встречалась значительно чаще по сравнению с мутацией C250T (31%). Результаты апробации биочипа на коллекции клинических образцов показывают, что он может быть использован в качестве удобного и надежного диагностического инструмента при генетическом анализе опухолей ЦНС.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):531-537
531-537
ФЛУОРЕСЦЕНТНОЕ МАРКИРОВАНИЕ GC-БОГАТОЙ ДНК-МАТРИЦЫ РАЗЛИЧНЫМИ ПРОИЗВОДНЫМИ НУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ГИБРИДИЗАЦИОННОГО АНАЛИЗА НА БИОЛОГИЧЕСКОМ МИКРОЧИПЕ
Аннотация
Исследована эффективность маркирования GC-богатой области промотора гена TERT в геноме человека производными 5'-трифосфатов 2'-дезоксиуридина (dU) и 2'-дезоксицитидина (dC), содержащими цианиновые красители Cy5 и Cy7 в качестве флуоресцентной метки. Методом ПЦР в реальном времени оценивали влияние модифицированных нуклеотидов на эффективность ПЦР, также определяли степень включения нуклеотидов в ПЦР-продукт. Эффективность маркирования ДНК-матрицы определяли по интенсивности флуоресцентного сигнала при проведении аллель-специфичной гибридизации на биологическом микрочипе. Наибольший уровень флуоресценции ячеек биочипа наблюдали для производных dU-Cy7 по сравнению с производными dU- и dC-Cy5. В то же время в случае GC-богатой ДНК-матрицы использование производных dC-Cy5 давало принципиально лучший результат по сравнению с производным dU-Cy5. Таким образом, модифицированные аналоги Cy7, способные встраиваться в ДНК при проведении ПЦР, в меньшей степени зависят от GC-состава ДНК-матрицы и выступают более универсальными флуоресцентными метками для диагностических целей. Наиболее перспективным представляется дальнейшее применение модифицированных аналогов Cy7 при разработке тест-систем формата “лаборатория-на-чипе”.
Биоорганическая химия. 2025;51(3):538-544
538-544